负责处刑的执法官遇到难题：“两位小……小公子，应当如何处置？还请大王明示。”
嬴政怒道：“哪里来的小公子？两个孽种，都给我杀了，装囊扑杀！”
嫪毐与赵姬所生的两个儿子，也就是嬴政同母异父的两个弟弟，这时候还是小孩儿。他们被装进袋子里，活活摔死。
处决嫪毐一家还不够，他已经在朝中形成一个政治集团，斩草要除根。二十余名参与叛乱的骨干人物被枭首，砍头后将头颅挂在树木等高处示众。嫪毐的门客四千余人全部被抄没家产，轻者服劳役三年，重者被流放蜀地。搜捕残党的行动一直持续到这一年九月，嫪毐党羽才被清剿完毕。
嬴政以雷霆之势平叛止乱，再也没有人胆敢小觑这位年轻的秦王。此时的吕不韦，不知心中作何感想。吕不韦虽然没有参与嫪毐叛乱，但正是他瞒天过海，将嫪毐送到太后身边。追究起来，他才是嫪毐之乱的罪魁祸首。嫪毐已被诛杀，吕不韦岂能独善其身？
吕不韦倒台
嬴政的下一个目标正是吕不韦。比起嫪毐之流，把持朝政多年的吕相邦才是秦王亲政最大的障碍。嬴政很快发现，对付他的仲父可比处置嫪毐困难得多。
当吕不韦可能被惩处的消息传出时，朝堂上立马炸开了锅，各路宾客、辩士一拨接着一拨，纷纷前来劝阻。嬴政不厌其烦，正思考如何对付这帮人，忽然发现，前来劝谏的吕氏宾客当中少了一个重要人物。
“传召客卿李斯！”
李斯入宫来，嬴政面色诡谲，似笑非笑地说：“今日寡人请你看出戏，你可瞧好了。”
很快，吕氏宾客又成群结队地来了，一字排开，轮流发言，还是老一套说辞。
“吕相邦为大秦鞠躬尽瘁，与嫪毐逆贼绝非同流，并无大错！”
“相邦三朝元老，于国有功，恳请大王三思！”
“大王亲政不久，离不开吕相辅弼，此时罢黜宰执大臣，无异于动摇朝廷根基，恐生祸乱！”
李斯在一旁听着，心突突地越跳越快，这出戏可一点儿都不好玩儿。他用眼角余光斜睨一眼秦王，只见嬴政脸色冷峻，原本半天没说话，任由宾客们吵吵嚷嚷，忽然冒出一句。
“李客卿，你怎么看？”
李斯闻言一凛，瞬间明白嬴政找他来的用意。这是一场对他究竟忠诚于谁的测试，既让他站出来对付这帮吕氏门客，也逼迫他明确表态，一箭双雕。
李斯毕竟出身相府舍人，吕不韦提拔他入宫为官，对他有知遇之恩。虽然他在相府的时间并不长，但朝中也有不少人，将他视为吕不韦阵营的人。李斯知道，为了明哲保身，必须与吕不韦切割，彻底撇清关系。
嬴政的目光聚焦在李斯身上，李斯不用看，也能感受到那逼人的目光。他深吸一口气，步入殿中央，来到诸位吕氏宾客面前，高声道：“诸君所言，大谬！”
众宾客哗然：“何谬之有？足下莫要信口开河！”
“吕相于国有功，但亦有过。有功则赏，有过则罚，功不能抵过，此乃法治之真意。诸位将功与过混为一谈，此错一也；大秦是王上的大秦，除了王上，大秦没有离不开的人，诸位却声称大秦离不开吕相，此错二也；诸君还说，吕相并无大错。吕相究竟有没有错，大错还是小错，王上自有定夺，不是尔等几张嘴可以轻易论断的，越俎代庖，妄断是非，此错三也！”
嬴政虽然没有说话，但冷峻的脸色有所缓和，面露一丝喜悦。
诸位宾客面面相觑，没想到半路杀出个雄辩的李斯，找不到有力的反驳角度，只能指着李斯鼻子，怒骂道：“李斯，你也曾为相府门客，相邦待你有恩，你竟然忘恩负义，落井下石，置相邦于险境！”
“对！你过河拆桥，以怨报德，非君子所为！”
“岂止非君子所为，你背槽抛粪，简直禽兽不如！”
牲口吃完槽里的食物，就背过身来拉屎，“背槽抛粪”形容人忘恩负义，像牲畜一样。众宾客不停往李斯身上泼脏水，李斯面不改色，高昂着头，拂袖背身，不再与他们争辩。
宾客们还想继续争吵，嬴政呵斥道：“够了！”
吕氏宾客们很快被打发走，殿内只剩下嬴政和李斯二人。
“为君难哪！”嬴政轻叹一口气。
嬴政在他面前这么一叹气，李斯忽然感觉与秦王的距离一下子亲近许多。这位一向令人感到疏离、冷漠的年轻君王，忽然有了一丝人性的温度。
“你也瞧见了，寡人这个仲父，好大的能耐啊，这还没怎么着呢，门下宾客成群结队，天天来谏，说来说去全是那一番话，寡人的耳朵都快听出老茧来了。李斯你说，寡人应该怎么办？”
“此乃国之大事，李斯不敢妄言，冒昧提出几点浅见，供大王参详。窃以为，嫪毐一族刚刚剿灭，朝堂仍然动**不安，不宜大动干戈，此其一；吕相邦执政多年，不可否认，拥趸众多，声望卓著，此其二；相邦罪不至死，死罪可免，但活罪难逃，此其三也。至于如何处置，大王自有圣断。”
嬴政点点头：“你说的这几条，切中肯綮，看得很准哪。”
嬴政的确动过除掉吕不韦的念头，谨慎起见，先放出风声，试探舆论。这一试，还真试出舆论与朝局的一些真相。正如李斯所言，吕不韦把持朝政十余年，树大根深，深孚众望，如果准备不充分，除掉吕不韦容易，但恐怕将引发朝堂动**。吕不韦暂时杀不得，至少在刚刚平息嫪毐之乱的这个时间节点，还不是处置他的最佳时机，须得从长计议、循序渐进。（王欲诛相国，为其奉先王功大，及宾客辩士为游说者众，王不忍致法。《史记·吕不韦列传》）
吕不韦功劳再大，也必须为他在嫪毐之乱中所犯下的错误付出代价。哪怕再多人劝谏，嬴政心意坚决，并不打算让吕不韦毫发无损地逃过这一劫。在处决嫪毐一个月后，嬴政下令，免去吕不韦相国之位，宣判他政治生命的终结。
满朝文武由此都见识到嬴政行事有多么强悍狠绝。更狠的还在后面，因为还有一位关键人物——他的生母赵太后需要处置。
对赵太后，向来寡言的嬴政只说了两句话。
第一句，“将太后迁居雍地棫阳宫，寡人与太后今生今世永不相见”。
说是迁居，其实是将赵姬驱逐出咸阳，软禁在雍地。赵姬与吕不韦旧相好的关系，已经是尽人皆知的“秘密”，二人不能都留在咸阳，必须有一人离开。两人相比较，嬴政似乎更难以面对他的母亲，他夹在人子与君王的双重角色之间，爱与恨交织，既感到羞耻又出离愤怒，复杂浓烈的情感折磨着他。他在动乱罹患中出生、成长，早就磨炼出一副铁石心肠，最终国君的身份战胜儿子的身份，他公开发下毒誓，与赵姬“永世不相见”。