18吴汉攻打宛县，宛王刘赐带着更始帝的妻子儿女到洛阳投降，刘秀封刘赐为慎侯。刘秀的叔父刘良、族父刘歙、族兄刘祉都从长安来。四月初二，封刘良为广阳王，刘祉为城阳王，又封哥哥刘縯的儿子刘章为太原王，刘兴为鲁王。更始帝的三个儿子，刘求、刘歆、刘鲤，都封为列侯。
19邓王王常投降。刘秀见了他，非常高兴，说：“我看见王廷尉，就不再担心南方了!”（王常是更始帝的廷尉，所以刘秀称呼他为王廷尉。王常投降，就得了南阳郡，所以不用担心南方了。）拜王常为左曹，封山桑侯。
20五月十九日，封族父刘歙为泗水王。
21刘秀以阴贵人雅性宽仁，想要立她为皇后。阴贵人认为郭贵人已经有儿子，始终不肯接受。六月初七，立郭贵人为皇后，以其子刘强为皇太子，大赦。
22六月十五，封泗水王刘歙的儿子刘终为淄川王。
23秋，贾复南击召陵、新息，全部平定。贾复部将在颍川杀人，颍川太守寇恂将他逮捕下狱。当时国家草创，军人犯法，大多相互包庇，而寇恂却在街市上把他公开处斩了。贾复引以为耻，还师的时候，经过颍川，对左右说：“我与寇恂并列将帅，却被他陷害，这次见了寇恂，我一定叫他吃我一剑!”寇恂知道他的想法，不想和他相见。寇恂姐姐的儿子谷崇说：“我是武将，可以带剑跟从在你身旁，如果他有什么动作，我也足以和他相当。”寇恂说：“不对，当初蔺相如不畏秦王，却屈于廉颇，那是为了国家。”于是下令所属各县盛具酒食，执金吾的军队入界，每人都供应双份。寇恂到道旁迎接，然后称病而回。贾复要起兵追他，但是将士们都喝醉了，只好过境而去。寇恂派谷崇向刘秀汇报了事情经过，刘秀于是征召寇恂。寇恂到后，刘秀接见，寇恂进去，看见贾复在座，于是起身回避。刘秀说：“天下未定，两虎怎么能私斗!今天朕给你们和解。”于是并坐极欢，同车而出，结友而去。
24八月，刘秀亲自率领诸将，征伐五校变民集团。八月二十六日，刘秀抵达内黄县，在羛阳大破五校军，接受投降部众五万人。
25刘秀派游击将军邓隆协助朱浮征讨彭宠，邓隆军驻扎在潞南，朱浮军驻扎在雍奴，派军吏回来汇报情况，刘秀读到书简，大怒，对来使说：“两营相距一百里，怎么能相互救援？等你回去，北军已经失败了!”彭宠果然派轻兵攻击邓隆，大破之。朱浮军太远，无法相救。
【华杉讲透】
古代正常的行军速度是一天三十里，如果要急行军一百里，需要抛弃全部辎重，“卷甲而驱”，盔甲都要卷起来，轻装昼夜兼行。然后呢，《孙子兵法》说“其法十一而至”，因为战士们每个人走的速度都不一样，一百里跑下来，十分之一的人先到，然后再十分之一，再十分之一……假定五千人的部队，就分成五百人一小队分批抵达战场，假定敌人也是五千人，那他们就是打十次五千打五百的仗，而且是以逸待劳，一口一个，轻轻松松就把五千人分批吃掉了。
26盖延包围睢阳数月，终于攻克。刘永逃跑到虞县。虞县人造反，杀了他的母亲、妻子。刘永与麾下数十人又逃到谯县。苏茂、佼强、周建合军三万余人救援刘永。盖延与之战于沛西，大破之。刘永、佼强、周建逃跑占据湖陵，苏茂逃回广乐。盖延于是平定沛郡、楚郡、临淮。
刘秀派太中大夫伏隆持节出使青州、徐州，招降郡国。青、徐群贼听说刘永破败，都惶怖请降。张步（刘永所封的辅汉大将军）派他的掾（副官）孙昱跟着伏隆到宫门上书，献上鳆鱼（鳆鱼，就是鲍鱼。王莽最后束手无策，就每天在宫里喝酒吃鲍鱼。现在张步投降，也给刘秀献上鲍鱼，看来鲍鱼在汉朝是最高级的食物了）。伏隆，是伏湛的儿子。
27堵乡人董?在宛县造反，俘虏南阳太守刘驎。扬化将军坚镡攻陷宛县。董?逃回堵乡。
28吴汉经略南阳诸县，所过之处，多有侵暴行为。破虏将军邓奉正好请假回到新野，对吴汉掳掠他的家乡非常愤怒，于是起兵造反，击破吴汉军，在淯阳屯据，和其他贼军联合。
29九月初二，刘秀从内黄回到洛阳。
30陕州贼军将领苏况攻破弘农。刘秀派景丹出征。不巧景丹薨逝，于是派征虏将军祭遵攻打弘农、柏华、蛮中贼军，将他们全部平定。
31赤眉军引兵欲西上陇县，隗嚣派将军杨广迎击，破之，又乘胜追击，在乌氏、泾阳再次打败赤眉。赤眉抵达阳城、番须一带，天降大雪，坑谷都被雪填平了，士卒冻死很多，于是转回，向东撤退，发掘诸皇帝皇后陵墓，取其宝货。凡是以玉匣入殓的，尸体还都保存完好，贼军于是侮辱吕后的尸体。邓禹派兵在郁夷攻打赤眉，反而被赤眉击败，邓禹于是撤退到云阳，赤眉再度进入长安。延岑（此时延岑归属汉中王刘嘉）屯驻在杜陵。赤眉将领逢安攻打延岑。邓禹认为逢安精兵在外，就引兵攻打长安，正赶上赤眉将领谢禄来救援。邓禹败走。延岑迎击逢安，逢安大败，死者十余万人。
赤眉将领廖湛率领十八万大军攻打汉中王刘嘉，在谷口会战，廖湛大败，刘嘉亲手斩杀廖湛，于是挺进到云阳，夺取粮秣。刘嘉的妻兄，新野人来歙，正好是刘秀姑妈的儿子。刘秀令邓禹招降刘嘉。刘嘉于是跟着来歙到邓禹处投降。刘嘉的丞相李宝，态度倨傲，邓禹将他斩杀。
32冬，十一月，以廷尉岑彭为征南大将军。刘秀在大会上指着王常对群臣说：“这位下江兵的将领，辅翼汉室，心如金石，真忠臣也!”即日，拜王常为汉忠将军，让他与岑彭一起率领建义大将军朱祜等七位将军，征讨邓奉、董?。岑彭等先攻打堵乡，邓奉救援。朱祜军败，被邓奉生擒。
34邓禹自从冯愔叛变之后，威名稍稍受损，又缺乏粮食，屡战屡败，归附者日益离散。赤眉、延岑暴乱三辅，郡县大姓各拥兵众，邓禹无法平定。刘秀于是派偏将军冯异去替换邓禹。刘秀亲自送冯异到河南县，嘱咐冯异说：“三辅地区遭遇王莽、更始之祸乱，又遇赤眉、延岑之暴行，生灵涂炭，无所依诉，将军如今奉旨讨贼，注意保护降者，把他们的首领送来京师，小民就地解散，让他们回乡务农。摧毁他们的营垒，不要让他们再聚集起来。征伐不一定非要夺地屠城，关键在于瓦解和安抚。诸将不是不会打仗，只是太热衷于抢掠。你本来就善于驾驭吏士，希望你节制自己，不要再让郡县百姓受苦!”冯异磕头受命，引兵向西，所到之处，展示军威，建立信誉，群盗多降。
【司马光曰】
当初周朝人歌颂武王说：“铺时绎思，我徂惟求定。”（出自《诗经》，是歌颂文王的，司马光误记。铺作敷，同音通用。敷，布也。绎，演绎的绎，陈述。思，语末助词，无义。徂，往，去。这句诗说周文王既有此德，我接受之，布陈此德，我之往伐纣，惟求安定而已。铺与绎都是陈述的意思，一再言之，是反复强调）这是说，王者之师志在布陈威德而安民而已。观光武帝之取关中，也是此道。岂不美哉!
【华杉讲透】
之前吴汉部队在南阳“多有侵暴”，以至于自己人邓奉愤而造反，如今刘秀又亲口说“诸将非不健斗，然好掳掠”。可见刘秀的军纪也不过如此了。圣王当然只想布陈威德而安民而已，但是将士们却需要发国难财，这也是战争的潜规则。君王只是派他们去打仗，却不能拨出足够的军费，要“因粮于敌”“以战养战”，实际上也就是默许了一张“抢劫牌照”，这是战争的丑恶面。《孙子兵法》讲“掠乡分众”，掠乡就是下乡抢劫，打土豪；分众就是分批去，人人有机会，不要我们在跟敌人打仗，下乡捞油水全是你们的，那军心就不平了。抢劫本身是军队的激励手段。所以曾国藩是大儒，他打下金陵城，说一分钱也没有，没有金银财宝要上缴国库；王阳明更是圣人，他平定了宸濠之乱，打下了宁王的南昌城，也是一分钱没有。钱都到哪里去了？都是将士们分了，君王是不能真正认真过问的。皇帝要天下，主将可以封侯，那么多士兵呢？有那么多官位分配吗？有那么多钱赏赐吗？大家就自己发财吧!但是像邓禹那样，抢劫耽误了正事，那就不行了。
35刘秀下诏，召邓禹回来，说：“不要和穷寇争锋!赤眉没有粮食，他自然会向东退却，我们以饱待饥，以逸待劳，只须折下一根树枝，就可以鞭打他们，这不用你们担心，不要再妄自进兵!”
赤眉军弃长安城而西进，不是邓禹把他们打跑的，而是他们粮食没了，到别的地方去掳掠，等把别的地方抢光了吃完了，他们必定还会回来。邓禹不在，他们有崩溃之势之时，在后面跟踪追击，却自己晏坐长安，等他们回来。那时候他们像决堤的河水一样冲回来，还挡得住吗？于是邓禹又退守云阳了。这时候，邓禹自己士气低落，又想去反攻长安坚城，能不败吗？善用兵者，要善于掌握时机。岳飞说：“运用之妙，存乎一心。”就是这个道理。
【华杉讲透】
邓禹参加革命时间早，刘秀对他是有点偏心了，在刘秀还是更始帝的大司马的时候，邓禹就投奔他，长夜密谈，有志在天下的默契。张居正把邓禹和萧何相比，他说，萧何对刘邦“有发踪指示之功”，邓禹在初见刘秀并得到任用时，就能举用诸将，各当其才，这也是他“佐命之元功”。刘秀指着地图哀叹天下之大和自己力量之小的时候，邓禹鼓励他，又劝他延揽英雄，务悦民心，这又是修德的事。所以中兴诸将，识见没有超过邓禹的。而邓禹的战功虽然不如诸将，却能独为一代元勋，是因为他能识天下之要务。
再加上王郎兴起，刘秀逃亡的时候，邓禹又跟随左右，天寒地冻中给刘秀生过火，这样的君臣际遇，就超过了胜仗、败仗之类“小事”。刘秀把最重要的关中委托给他，也就是把挣得天下第一大功劳的机会给他，但是他开始时不能直取长安，而是北上蓄积力量。等他力量蓄积好了，又一次次打败仗。结果呢，刘秀不但没有指责，还这么给他面子。
总结起来，邓禹之功，一是启发刘秀立志，立定“平天下”之志；二是为刘秀定心，坚定取得最后胜利的信心；三是定战略，在布武之初，就能修德以行王道；四是定人才，举贤任能，所谓“进贤者受上赏”，事业越大，组织越大，人力资源工作价值越大；五是跟皇上一起落过难，吃过苦，有“落难兄弟”的私人情谊。有这五条，对于刘秀来说，其他就都是小节了。
刘秀又任命伏隆为光禄大夫，出使张步，拜张步为东莱太守，一批新任命的青州牧、守、都尉，都一起和伏隆东行上任。又授权伏隆，可以直接任命县令以下官员。
36十二月三十日，刘秀下诏，凡是被王莽撤销封国的宗室列侯，全部恢复原来的封国。
37三辅地区发生了极其严重的饥荒，人相食，城郭皆空，白骨蔽野，遗民往往聚为营堡，各自坚壁清野。赤眉军掳掠也抢不到东西，于是引而东归，部众还有二十余万，沿途散乱逃亡。刘秀派破奸将军侯进等人屯驻新安，建威大将军耿弇等人屯驻宜阳，以阻其归路，下令诸将说：“贼军如果向东逃跑，宜阳兵团可以往新安会师。贼军如果向南逃窜，新安兵团可以往宜阳会师。”冯异与赤眉在华阴遭遇，互相对抗六十余日，战数十合，赤眉官兵投降五千余人。