1春，来歙率二千余人伐山开道，从番须、回中出击，突袭略阳，斩隗嚣守将金梁。隗嚣大惊说：“何其神也!”刘秀听说得了略阳，非常高兴，说：“略阳是隗嚣的重要屏障，如今他心腹已坏，要制伏他的肢体就容易了。”
吴汉等诸将听说来歙占了略阳，争相奔驰赶过去。刘秀认为隗嚣失去了他所倚仗的屏障，丢掉了重要城池，一定会集中全部精锐来攻城，等他旷日久围，而城不能攻下，士卒疲惫，才可以乘危而进，所以派人把吴汉等人都追回来。
隗嚣果然派王元据守陇坻，行巡据守番须口，王孟据守鸡头道，牛邯据守瓦亭。隗嚣自己亲率大军数万人包围略阳。公孙述遣将李育、田弇助之，挖山筑堤，引水灌城。来歙与将士固死坚守，箭射完了，拆房子、砍树木，用作兵器。隗嚣尽其精锐攻打，几个月也不能攻下。
夏，闰四月，刘秀决定亲征隗嚣。光禄勋、汝南人郭宪进谏说：“东方初定，车驾未可远征。”并且挡在刘秀车前，拔刀砍断束在马胸前的革带。刘秀不听，西行到了漆县。诸将也大多认为王师之重，不宜远入险阻，计议犹豫未决，刘秀召马援，问他意见。马援说，隗嚣将帅有土崩瓦解之势，汉兵进击有必胜之状，又在刘秀面前，用米堆成山谷地形，指划形势，开示众军行军路线，往来分析，一目了然。刘秀说：“敌人已经在我眼中了!”第二天，继续进军，抵达高平县第一城。
于是联军共同进军，分兵数道上陇山。刘秀派王遵写信招降牛邯。牛邯投降，拜为太中大夫。于是隗嚣大将十三人，属下十六个县，部众十余万全部投降。隗嚣带着妻子儿女奔往西城，投奔杨广。田弇、李育退保上邽。略阳解围。刘秀慰劳赏赐来歙，酒宴的时候，在诸将之上单独设座，并赐给来歙的妻子绸缎一千匹。
刘秀抵达上邽，下诏给隗嚣说：“如果束手来降，可以保证让你父子相见，不会有其他处罚。如果你想要学黥布（自己当皇帝），那也随便你。”
隗嚣始终不投降，于是刘秀诛杀了他的儿子隗恂，派吴汉、岑彭包围西城，耿弇、盖延包围上邽。
刘秀以四个县封给窦融为安丰侯，弟弟窦友为显亲侯，以及五郡太守，全部封侯，派他们回到自己任所。窦融因为长期专擅一方，心中恐惧，不能自安，数次上书，请求朝廷派人来替换他。刘秀下诏回复他说：“我与将军，情同手足，你数次执意谦退，为什么不了解我的诚意？请你勉励安抚官吏百姓，不要擅自离开你的部属!”
颍川盗贼群起，一连攻下数个县城，驻防河东郡的部队也叛变，京师**。刘秀听闻后说：“我后悔没有听郭宪的劝谏!”秋，八月，刘秀从上邽日夜东驰，赐书给岑彭等人说：“两城如果攻下，便可率兵南击蜀虏。人苦于不知足，既得陇，复望蜀（‘得陇望蜀’成语的由来），每次一发兵，头发胡须都为之发白!”
九月初一，车驾还宫。刘秀对执金吾寇恂说：“颍川迫近京师，应当及时平定，我想来想去，只有你最合适。你从九卿位置复出，再次为国分忧吧!”寇恂说：“颍川听说陛下有事于陇、蜀，狂狡之徒趁机作乱，彼此欺误罢了，如果听说乘舆向南，贼众一定惶怖归降，臣愿持锐为陛下前驱!”刘秀同意。初六，车驾南征，颍川盗贼全部投降。但刘秀却没有拜寇恂为郡守。百姓们挡住刘秀的车驾请求：“愿陛下将寇君借给我们一年（寇恂之前是颍川太守）!”于是命寇恂留在长社县，镇抚吏民，受纳余降。
东郡、济阴盗贼亦起，刘秀派李通、王常讨伐。因为东光侯耿纯曾经做过东郡太守，在当地威信卓著。刘秀派使臣拜耿纯为太中大夫，让他与大军在东郡会合。东郡人听说耿纯入界，盗贼九千余人都到耿纯处投降，大兵不战而还。刘秀下诏，重新任命耿纯为东郡太守。
九月二十四日，车驾自颍川返回洛阳。
【华杉讲透】
2安丘侯张步带着妻子儿女逃奔临淮，与弟弟张弘、张蓝想要重招旧部，乘船入海。琅琊太守陈俊追讨，将他们斩首。
3冬，十月二十二日，刘秀抵达怀县。十一月十二日，回到洛阳。
4杨广死，隗嚣穷困，其大将王捷在戎丘，登上城墙，对汉军呼喊说：“为隗王守城者，皆必死，无二心，希望你们自己撤退。我用自杀证明。”于是自刎而死。
当初，刘秀嘱咐吴汉说：“各郡派来的地方部队，只是徒费粮食，如果有逃亡，反而动摇军心，应该早点打发他们回去。”吴汉等人贪图兵多，可以兵力攻打隗嚣，所以没有遣返，而粮食越来越少，吏士疲惫，逃亡者多。岑彭阻断河水，引水灌西城，城墙淹没还不到一丈高，正赶上王元、行巡、周宗带着蜀兵五千余人前来救援，从高处突然出现，鼓噪大呼：“百万大军赶到!”汉军大惊，还没来得及列阵，王元等冲破包围圈，殊死奋战，竟突围进城，迎接隗嚣，又冲杀出来，回到冀县。吴汉大军粮食已尽，于是烧毁辎重，引兵下陇，盖延、耿弇也相随而退。隗嚣出兵跟踪追击，岑彭断后，诸将得以全军东归。唯有祭遵屯驻汧县不退。吴汉等屯驻长安，岑彭还归津乡。于是安定、北地、天水、陇西诸郡又反叛，归顺隗嚣。
校尉、太原人温序被隗嚣部将苟宇俘虏。苟宇晓谕四次，希望他投降。温序大怒，呵斥苟宇说：“虏何敢迫胁汉将!”于是以符节击杀数人。苟宇手下争相要杀他。苟宇制止说：“此义士，以死保全名节，可以给他一把剑。”温序接剑，把胡须含在口中，环顾左右说：“既然为贼所杀，不要让泥土弄脏了我的胡须!”于是伏剑而死。从事王忠将他的尸体运回洛阳。刘秀下诏，赐给墓地，拜他的三个儿子为郎官。
5十二月，高句丽王遣使朝贺，刘秀恢复他的王号（之前王莽贬高句丽为侯）。
6这一年发了大水。
建武九年（癸巳，公元33年）
1春，正月，颍阳成侯祭遵薨逝在军营中。刘秀下诏，命冯异合并接管祭遵的部队。祭遵为人，廉洁简约，小心谨慎，克己奉公，赏赐全都分给士卒，约束严整，所驻扎之处，百姓都不知道有军队。录用人才，都用儒家思想，对酒设乐，一定吟唱雅歌，并举行传统的投壶游戏（用一个长颈花瓶，里面装上黄豆，以木制坚实而且比较重的柘木做成像箭矢一样的小棍，跟咱们现在套圈一样，往壶里投掷，以溅出来的黄豆多少分胜负），临终，遗嘱薄葬。身边的人问他对家里的事有什么安排，则始终什么话也没说。
【华杉讲透】
能打胜仗的名将，都是能分钱的。士兵们出生入死，就是希望得到赏赐，分配战利品和赏赐的时候，论功行赏。如何做到公平呢？每个人都有“不公平幻觉”，总觉得自己拿少了，无论你怎么分，都有人觉得不公平，这就容易闹意见，生矛盾。但是，主将如果自己一分不留，全部分给大家，那就谁也没话说了。有的主将，能做到战利品全部分给大家，自己只要皇上赏赐。祭遵做到连赏赐都全部分给士卒，这部队的凝聚力、战斗力，就更强了。
反过来，如果认为自己是主将，理所应当拿大头，士卒们并非不同意，但是激发了每个人都要去算自己该比谁拿得多，这部队的人心就散了，队伍不好带了。一个部队人人都想多拿钱，就难免抢劫百姓。祭遵作为主将不要钱，他的军纪也就好，甚至做到周围百姓都不知道有军队驻扎在附近，这都是连锁反应。
修身、齐家、治国、平天下，祭遵的行为是典型的克己复礼，修身齐军，所以刘秀深为缅怀。
2隗嚣又病又饿，只能吃到黄豆掺杂稻米煮成的干饭，悲愤而死。王元、周宗立隗嚣的小儿子隗纯为王，继续据守冀县。公孙述派遣将领赵匡、田弇前来助阵。刘秀派冯异攻打。
3公孙述派遣翼江王田戎、大司徒任满、南郡太守程汎率数万人从江关而下，击破冯骏等军，攻下巫县、夷道、夷陵（之前岑彭留冯骏驻军江州，分屯夷道、夷陵），于是占据荆门、虎牙，横贯长江修建浮桥、阁楼，江中立起木柱以绝水道，又跨山结营以阻塞陆路，抵御汉兵。
4夏，六月初六，刘秀抵达缑氏县，登上轘辕山。
5吴汉率王常等四位将军，领兵五万余人，攻打卢芳将领贾览、闵堪于高柳，匈奴派兵援救，汉兵不利。于是匈奴军势转盛，劫掠暴行越来越多。刘秀下诏，命朱祜屯驻常山，王常屯驻涿郡，破奸将军侯进屯驻渔阳，任命讨虏将军王霸为上谷太守，以防备匈奴。
6刘秀派来歙全权监护屯驻在长安的诸将，太中大夫马援做他的副手。来歙上书说：“公孙述以陇西、天水为屏障，所以得以苟延残喘。如今二郡平**，则公孙述技穷矣。应该增选兵马，储备粮食物资。如今西州地区刚刚被打败，士兵百姓都疲敝饥馑，如果用金钱粮食招募他们，很容易组建新军。我也知道国家用钱的地方很多，用度不足，但这也是不得已之计。”刘秀同意。于是下诏征调汧县储备粮食六万斛。
7骠骑将军杜茂与贾览战于繁畤，杜茂战败。
8羌族各部落自王莽末年开始移居塞内，金城县很多地方都被他们占据。隗嚣无力征讨，就顺势慰抚接纳，在他们当中征兵和汉军作战。司徒掾班彪上书说：“如今凉州各部都有降羌，羌族人披头散发，衣襟向左，而与汉人杂居，习俗不同，语言不通，经常被小官小吏及奸猾刁民侵夺，穷困愤恨，所以反叛。大概蛮夷寇乱，都是这种情况。以前的制度，益州设置蛮夷骑都尉，幽州设置乌桓校尉，凉州设置护羌校尉，都持天子符节，管理当地少数民族事务，治理他们的怨结，每年巡察各地，慰问疾苦，又数次派遣翻译，通报动静，让塞外羌人能成为官府耳目，有什么事变，州郡也可提前警备。今天应该恢复旧制，彰明朝廷的威权，防止变乱。”
刘秀听从他的意见，任命牛邯为护羌校尉。
9盗贼杀阴贵人母亲邓氏及弟弟阴?。刘秀非常悲伤，封阴贵人的弟弟阴就为宣恩侯，又召见阴就的哥哥、侍中阴兴，要给他加封，印绶就摆在面前，阴兴坚决辞让，说：“臣没有冲锋陷阵，或者率先登城的功劳，而一家数人，都得到爵位和封地，让天下人抱怨，这是我所不愿意看到的。”刘秀嘉许他，不再勉强。阴贵人问阴兴什么缘故。阴兴说：“外戚人家，最怕不知谦退，嫁女想要配侯王，娶妇又惦记公主，我实在是心中不安。富贵总有个限度，人应该知足，如果奢侈夸耀，就会被舆论讥刺。”阴贵人被他的话感动，自己也深深地克制，从此不再为亲属要求官爵。
【华杉讲透】
盗贼杀阴贵人母弟一案，《资治通鉴》没有说明。经查证，是一个绑架案。《三国志·魏书·夏侯淳传》记载，曹操与群臣讨论一个绑架案以及关于绑架案处置的立法时，孙盛引用了这个案例：