世祖光武皇帝中之下
建武十二年（丙申，公元36年）
1 春，正月，吴汉击破公孙述的将领魏党、公孙永于鱼涪津，接着包围武阳。公孙述派女婿史兴前往救援，吴汉迎击，击破史兴，进入犍为郡界。郡中诸县都据城固守，刘秀下诏，令吴汉直取广都，据其心腹。吴汉于是进军攻广都，将广都攻克，遣轻骑烧成都市桥。公孙述将帅恐惧，日夜离叛，公孙述动用恐怖手段，诛灭离叛者全家，还是不能禁止。刘秀一心想让公孙述投降，又下诏晓谕他说：“不要因为来歙、岑彭之事而不安心，如今你只要投降，保你宗族完全，我的亲笔诏书，不是轻易再能得到的（望你抓住机会）!”公孙述终究没有投降的意思。
【华杉讲透】
明明已经败了，为了个人意气，誓死不降，让更多人白白牺牲，这也是独夫民贼了。刘秀仁义，在可以全取的情况下，还愿意提出交换条件，减少牺牲。公孙述则视死如归，这就是差距了。希特勒战败，他要战斗到最后一个人，不惜毁灭日耳曼民族；日本战败，如果没有两颗原子弹，也几乎准备“一亿总玉碎”。个人的视死如归，却要他人殉葬，这样的历史教训有很多。
2 秋，七月，冯骏攻下江州，俘虏田戎。
3 刘秀告诫吴汉说：“成都还有十余万人，不可轻视，你只管坚守广都，等他来攻，不要和他争锋。如果他不敢来，就向前移动军营压迫他，一定要等他筋疲力尽，才可出击。”
吴汉乘胜气盛，亲自率步、骑兵两万人进迫成都，离城十余里，在锦江北岸扎营，修建浮桥，派副将武威将军刘尚率万余人屯于南岸，两营相距二十余里。刘秀接到报告，大惊，责备吴汉说：“之前给你的叮嘱，千条万端，详细指示，你怎么临时悖乱如此!如今既轻敌深入，又和刘尚分开两营，如果军情紧急，根本无法相救。贼兵如果出一支军牵制你，然后以主力部队攻打刘尚，刘尚兵破，你也就跟着败了。如果幸而还没有发生，赶快引兵回广都!”
诏书还没到，九月，公孙述果然派大司徒谢丰、执金吾袁吉率众约十万，分为二十余营，出城攻打吴汉，又派别将率一万余人突袭刘尚，让他们两营不能相救。吴汉与敌军大战一日，兵败，退入营垒。谢丰于是将吴汉包围。吴汉召集诸将，激励他们说：“吾与诸君逾越险阻，转战千里，深入敌境，至于城下，而今与刘尚两处受困，被敌人分割开来，其祸难测。我想秘密潜行到江南与刘尚会合，并兵御敌。如果大家能同心一力，人自为战，大功可立。如果不能，必败无疑。成败之机，在此一举!”诸将都说：“诺!”于是犒赏士兵，喂饱战马，三日闭营不出，然后多树旗幡，让烟火不绝，到了夜里，让战马衔木条出大营，与刘尚会师。谢丰等人毫无察觉，不知道包围的已经是一座空营，第二天，仍分兵监视北岸吴汉军营，亲自率一军攻江南。汉兵全军迎战，从日出战到日落，大破之，斩谢丰、袁吉。吴汉于是引兵回广都，留刘尚和公孙述相拒，又向刘秀汇报前后经过，而深深地谴责自己。刘秀回复说：“你回到广都，非常恰当，公孙述一定不敢越过刘尚来攻打你，如果他先攻刘尚，你从广都发步骑兵全军行军五十里去救援，正赶上敌人危困疲惫，必破之也!”于是吴汉与公孙述军战于广都、成都之间，八战八胜，将军营推进到成都外城郭中。
臧宫攻克绵竹、涪城，斩公孙恢，又攻陷繁县、郫县，与吴汉会师于成都。
4 李通希望回避权势，请求退休，拖了两年，刘秀终于同意他交还大司空印绶，以“特进”身份（位在三公之下，诸侯之上）参加御前会议。后来，有司上奏请封皇子，刘秀感怀于李通首创大谋（最早跟随刘氏兄弟起事），即日，封李通小儿子李雄为召陵侯。
5 公孙述困急，对延岑说：“事当奈何？”延岑说：“男儿当死中求生，岂可坐以待毙!财物易得，不应爱财!”公孙述于是散尽金帛，招募敢死勇士五千人，交给延岑。延岑在市桥虚张旗帜，鸣鼓挑战，而潜遣奇兵绕到吴汉军后，突袭吴汉。吴汉军败，自己也落入水中，拽着马尾上岸。吴汉军队只剩七天的粮食，悄悄准备船只，想要撤退。蜀郡太守（蜀郡还在公孙述手里，这位太守是先就职，负责招降蜀人）、南阳人张堪听说了，飞驰前往，面见吴汉，说公孙述必败，不宜退师。吴汉听从，于是示弱以引诱敌人。
冬，十一月，臧宫进军成都咸阳门。十八日，公孙述亲自率数万人攻打吴汉，派延岑攻打臧宫。延岑三战三胜，从日出到中午，军士没有吃饭，都疲惫了。吴汉于是派护军高午、唐邯率精锐部队数万人击之，公孙述军中大乱。高午在阵中奔驰刺中公孙述，洞穿胸口，公孙述坠马，左右将士将他抢救入城。公孙述将军队交给延岑，当夜，公孙述死亡。第二天，延岑献城投降。二十一日，吴汉诛灭公孙述妻子儿女，灭族，又将延岑灭族，然后放兵大掠，焚烧公孙述宫室。刘秀听闻，大怒，谴责吴汉，又责备刘尚说：“成都投降，已经三天，吏民从服，孩儿、老母，数以万计，一旦放兵纵火，闻之可为酸鼻。刘尚你是宗室子孙，又有官职，你怎么忍心如此!仰视天，俯视地，想想当年秦西巴放鹿、乐羊啜羹的事（放鹿典故：鲁国孟孙猎得一头幼鹿，交给秦西巴看管，母鹿跟随哀鸣，秦西巴就放了小鹿，还给它的母亲。啜羹典故：乐羊为魏将攻中山，中山国君杀了乐羊在中山的儿子，煮成肉羹给他，乐羊坐在帐下将肉羹吃掉。魏文侯对褚师赞叹说：‘乐羊为了我，自己儿子的肉都吃。’褚师回答：‘子且食之，其谁不食？’攻下中山之后，魏文侯赏赐乐羊，但是怀疑他的心），这两人谁仁义？你失去了斩将吊民（斩杀敌将，拯救百姓）之义!”
【华杉讲透】
吴汉在成都投降三天之后，放兵纵火抢劫，多半是攻城前给士兵们的承诺——进城之后，成都财物由你们任取!所以士兵们拼死作战，城池攻下，就要兑现奖励，任由他们抢劫。放火的目的，是毁灭证据，到时候朝廷派人来点检战利品，就说都被火烧了。这也是军队激励的潜规则，是战争的惯例。所以刘秀虽然痛心，痛骂，却也不能问罪，只是责备刘尚为什么没有发挥作用，身为皇室宗亲，带的又是“朝廷军”，却不能制止暴行，违背了伐罪吊民之义。
吴汉本人并不贪财，史书记载，吴汉出征后，妻子在家购置田业。吴汉回来后，责备妻子道：“军师在外，官吏士卒供养不足，何必多买田宅？”于是尽数分给昆弟们和外家。古今名将，能打胜仗，都是因为士兵们愿意为他拼死作战。而士兵之所以愿意拼死，能发财也是重要因素。
当初，公孙述征召广汉人李业为博士，李业坚决称病不起。公孙述羞于请不动他，派大鸿胪尹融去胁迫李业，说：“如果出山，就接受公爵之位；如果不出，就赐以毒酒。”尹融开导他说：“方今天下分崩离析，谁知道孰是孰非，你何必以区区之身，投入不测之深渊？朝廷仰慕你的名德，为你空着官职，已经七年。四季珍馐，一直按时给你供应，没有忘掉先生。上奉知己，下为子孙，身名俱全，这样不好吗？”李业叹息说：“古人危邦莫入，乱邦莫居（《论语》里孔子的话，危险的国家，不要进去，混乱的国家，不要居住），我就是为这个缘故。君子见危授命（还是《论语》里孔子的话：‘君子见利思义，见危授命。’意思是：见到利益的时候，想想自己该得还是不该得；见到危险的时候，肯付出自己生命），何必用高位重利为饵来引诱呢!”尹融说：“那您找家人一起商量一下吧!”李业说：“大丈夫心中早有决断，还找妻子儿女说什么!”于是饮毒而死。公孙述耻于有杀贤之名，遣使吊祭，赠送绸缎一百匹。李业的儿子李翚逃走，不肯接受。
公孙述又招聘巴郡谯玄，也是派使者拿着毒酒去胁迫。太守亲自到谯玄家，劝他起行，谯玄说：“保全志高，死而无恨!”接受了毒药。谯玄的儿子谯瑛泣血叩头于太守，愿奉家财千万为父亲赎命，公孙述同意。
公孙述又征召蜀郡王皓、王嘉，怕他们不来，先绑架了他们的妻子儿女，派使者对王嘉说：“赶快起行，妻子儿女还可保全。”王嘉说：“马尚且认识他的主人，何况人呢!”王皓自刎（以死来回答使者），使者将其首级交给公孙述。公孙述怒，诛杀了王皓家属。王嘉听说后叹息道：“我落后了。”于是也在使者面前，伏剑而死。
犍为费贻不肯做公孙述的官，把漆涂在身上，长满漆疮，假装发疯以逃避。同郡人任永、冯信也托词患青光眼，推辞征召。
刘秀既已平定蜀地，下诏追赠常少为太常，张隆为光禄勋。谯玄已经去世，用中劳（一头羊、一头猪）祭祀，下令所在地官府发还财产，又表彰李业所居的街闾。征召费贻、任永、冯信，正赶上任永、冯信都病故，唯独费贻出仕，官至合浦太守。公孙述部将程乌、李育有才干，都得到擢升任用。于是蜀地人民都很高兴，无不归心。
当初，王莽任命广汉人文齐为益州太守，文齐训农治兵，招降蛮夷，各民族融洽和平。公孙述时期，文齐固守据险，公孙述拘捕他的妻子儿女，又许诺他封侯，文齐拒绝投降。后来听说刘秀即皇帝位，派使者从小道前来汇报。蜀地平定后，征召文齐为镇远将军，封成义侯。
6 十二月初一，扬武将军马成代理大司空职务。
7 这一年，羌族参狼部落联合几个部落进攻武都，陇西太守马援击破之，降者万余人，于是陇西清静。
马援着力于广开恩信，宽以待下，具体职责都交给下属，自己只掌握大原则，而宾客故旧日夜高朋满座。下属诸曹有时来向他汇报外面的事务，他就说：“这是丞、掾负责的事，怎么拿来烦我!你们也可怜可怜我这老头子，让我悠游自在。如果有豪强欺负小民，或者狡黠的小吏不听从政令，那才是太守要管的事!”旁县曾经发生有人报仇相攻的事件，官吏人民都传言羌族造反，百姓奔逃入城，狄道县令直奔马援府大门，要求觐见，闭城发兵。马援当时正与宾客饮酒，大笑说：“羌虏怎么敢再来侵犯我!告诉狄道县令，回到自己衙门去，实在是害怕，可以躲在床下!”之后秩序恢复正常，一郡皆服。
8 刘秀下诏：“边关官吏，力不足以战则守，追击敌人，自己评估敌情，不必拘泥于逗留法。”（逗留法规定：军行逗留畏惧者斩。刘秀的诏书意思是，追击敌人追多远，自己衡量敌情来决定进退，不必拘泥于逗留法，非要直取胜敌。）
9 山桑节侯王常、牟平烈侯耿况、东光成侯耿纯都在这一年薨逝。耿况病重时，刘秀乘舆数次探视，又任命耿弇的弟弟耿广、耿举为中郎将。耿弇兄弟六人，都戴着青紫色绶带（都是高官），侍奉医药，当世引以为荣。
10 卢芳与匈奴、乌桓连兵，数次进攻边境。刘秀派骠骑大将军杜茂等人率兵镇守北边，修治飞狐道，筑建亭障、烽火台，与匈奴、乌桓打了大小数百战，始终不能取胜。
11 刘秀下诏，命窦融与五郡太守一起入朝。窦融等人奉诏而行，官属宾客相随，车队一千余辆，马、牛、羊漫山遍野。到了洛阳，窦融趋赴城门，缴还印绶（窦融身兼属国都尉、凉州牧、安丰侯）。刘秀下诏，派使者将安丰侯印绶还给窦融，并接见窦融，赏赐恩宠，倾动京师。之后，拜窦融为冀州牧，又任命梁统为太中大夫、姑臧县令孔奋为武都郡丞。姑臧在河西最为富饶，当时天下未定，官吏们都没什么节操，做县令的上任几个月，就能聚集大量财富。孔奋在职四年，力行清廉，为众人耻笑，说他泡在油脂里面，都不能让自己润肤。那些跟从窦融一起入朝的郡守县令，都是带着一车又一车的财货，恨不得把当地山川河流都搜刮干净全部带走。只有孔奋没有什么资财，就一辆车上路，所以刘秀特别奖赏他。
【华杉讲透】
窦融有雄才大略，但没有野心，既不妄想当皇帝，也不非要做地方势力，只想保一家平安，或者有一点富贵，能再做点事就做点事。所以在一开始归顺刘秀时，就主动要交出地盘和权力，但当时时机并不合适，隗嚣未破，刘秀也还需要他。如今天下已定，刘秀实际上要将他和当地势力全部连根拔起，他也二话不说，带着整个凉州上层势力，各自带着家财，就交出了权力。
窦融这种态度，可谓“圣之时者”，无可无不可，好人一生平安。不过，平安也不是一劳永逸，需要不断获取，我们往后看，窦融要全家平安也不容易。
刘秀任命睢阳县令任延为武威太守，临行亲自接见，告诫他说：“好好侍奉你的上司，不要失了名誉。”任延说：“臣听说，忠臣不和，和臣不忠。履正奉公，是臣子之节。如果上下雷同，不是陛下之福。善事上司，臣不敢奉诏。”刘秀叹息说：“你说得对。”
建武十三年（丁酉，公元37年）
1 春，正月初一，大司徒侯霸薨逝。