2 秋，会稽郡发生重大的传染病疫情。
3 莎车王贤、鄯善王安皆遣使奉献，说西域苦于匈奴剥削，都希望做汉朝的属国，请求汉朝廷恢复设置西域都尉。刘秀因为中原刚刚安定，不同意。
4 太中大夫梁统上书说：“臣见元帝初元五年，死罪减刑的有三十四件，哀帝建平元年，死罪减刑的有八十一件，其中四十二件是亲手杀人，也获得减刑免死。从此之后，成为惯例。所以人民轻于犯法，官吏轻易杀人。臣听说立君之道，仁义为主，仁者爱人，义者正理。爱人以除暴为务，正理以去乱为心。刑罚的关键在于适中，而不在于从轻。当初高帝承受天命，制定政令法律，都很恰当。文帝仅仅是去除了肉刑和连坐之法，其余的都依高帝旧制。哀帝、平帝时期，在位时间较短，判决案例不多。到了王嘉担任丞相的时候，穿凿附会，擅自改变先帝旧约成律，数年之间，一百余案，或者不合于理，或者不得民心。我将其中尤其有害政体的挑选出来，做一报告。愿陛下宣诏于有司，详细研究选择法律条文，选择好的，定为不易之典!”
事情交给公卿们讨论，光禄勋杜林上奏说：“大汉初兴之时，去除苛政，海内欢欣。到了后来，法令越来越繁苛，以至于送一点水果蔬菜，也成为行贿的赃物，小小的过错，无伤大义，也被判死刑。以至于法不能禁，令不能止，上下互相掩护，弊病更深。臣以为宜如旧制，不宜更改。”
梁统又上书回复说：“臣之所奏，并非要严刑峻法。《尚书》说：‘爰制百姓，于刑之衷。’治理百姓，刑法要衷，衷就是中，不轻不重的意思。从高祖到孝宣皇帝，海内都称颂其治，到了初元和建平年间，盗贼越来越多，都是因为刑罚不中，愚人轻易犯法所致。由此看来，刑罚越轻，反而生大患，恩惠加之于奸恶之人，而祸害及于良善百姓。”
事情被搁置，不再讨论。
建武十五年（己亥，公元39年）
1 春，正月二十三日，大司徒韩歆被免职。韩歆性格耿直，说话直来直去，毫无顾忌，刘秀时常不能容忍。韩歆在刘秀面前预言将要发生饥荒，指天画地，言辞刚切，所以被免职回家。刘秀还不解恨，又遣使宣诏斥责他。韩歆及儿子韩婴皆自杀。韩歆一向有重名，无罪被逼死，众人心中都不服。刘秀于是又追赐钱谷，以完整的礼仪安葬。
【司马光曰】
当初殷商高宗（武丁）对宰相傅说说：“如果药吃了不让人头昏眼花，就治不了病。”痛切直言，并不能给说话的臣子什么好处，而是国家之福。所以人君日夜求之，生怕得不到。可惜呀!在光武之世，竟有韩歆因直谏而死，也有损光武的仁明吧!
【华杉讲透】
刘秀绝非暴君，韩歆也不能简单地说是“直谏亡身”。他已经不是直谏，而是经常毫无必要地侮辱激怒皇上，指天画地，言辞刚切。皇上又不是要干什么祸国殃民的坏事，至于指天画地吗？韩歆抢占道德高地，自以为绝对正确，绝对正义，这本身就是一种傲慢，而不是忠诚，最终陷刘秀于“**杀人”，自己父子丢了性命，也让刘秀留下历史污点。
儒家思想，一向鼓励人臣直谏，但人臣要直，也要有礼，有“人臣之礼”。韩歆已经超过了“直”，成了一种语言暴力，挑战君王的忍耐极限。君王不是圣人，他也是普通人，而且有生杀大权。身怀利器，杀心自起，激起他杀无罪之人，本身也是一种罪。用所谓“忠心”对君王进行道德绑架，成就自己的直谏美名，给君王带来杀忠臣的恶名。这件事，是刘秀的污点，又何尝不是韩歆的污点？
历朝历代都有这种直谏杀身成名的人，历史的“判决”似乎总是对君王不利，但为人臣者也该扪心自问，自己真的是忠心的“纯臣”吗？
2 正月二十九日，昴星之旁出现孛星。
3 以汝南太守欧阳歙为大司徒。
4 匈奴入寇抢掠越来越严重，州郡不能禁止。二月，朝廷派吴汉率马成、马武等人北击匈奴，迁徙雁门、代郡、上谷吏民六万余口，安置在居庸关、常山关以东，以避胡寇。匈奴左部于是进入边塞之内居住。朝廷为此忧患，增派边防部队，每部各有数千人。
5 夏，四月十一日，封皇子刘辅为右翊公，刘英为楚公，刘阳为东海公，刘康为济南公，刘苍为东平公，刘延为淮阳公，刘荆为山阳公，刘衡为临淮公，刘焉为左翊公，刘京为琅琊公。四月十七日，追谥兄长刘縯为齐武公，兄长刘仲为鲁哀公。刘秀感伤刘縯功业未成，抚育他的两个儿子刘章、刘兴，恩爱笃厚，他们很小就获得了尊贵的地位，又安排他们熟悉政事，让刘章做平阴县令，刘兴做缑氏县令，其后擢升刘章为梁郡太守，刘兴为弘农太守。
6 刘秀认为全国上报的垦田面积，很多都不确实，而且户口人数每年各有增减，下诏让各州郡检核查实。于是刺史、太守大多弄虚作假，乘机牟利，以量度田土为名，将百姓聚集在田土中间，房屋里弄，一寸寸地都要计算在田土面积之内，人民奔走道路，啼哭呼号。而对豪强大姓，却加以优待，专门苛待贫弱百姓。
当时诸郡都遣使上京汇报，刘秀看见陈留郡的公文上夹了一张便条，一看，上面写着：“颍川、弘农可问，河南、南阳不可问。”刘秀诘问来人，什么意思？那官员不肯承认，只说：“在长寿街上捡来的。”刘秀怒。当时东海公刘阳年仅十二岁，在帷幄后说：“这是郡守对信差的指令，要他打听其他郡县田土测量情况，来做一比较罢了。”刘秀问：“既然如此，为什么河南、南阳不可问？”答：“河南是京师，多近臣，南阳是皇帝家乡，多近亲，田宅都超过规定，所以没有参考价值。”刘秀令虎贲武士诘问那官员，他才如实承认，和刘阳说的一样。刘秀于是对这个儿子大为欣赏喜爱（为立刘阳为太子埋下伏笔）。
派谒者考核查实二千石官吏徇私枉法者。冬，十一月初一，大司徒欧阳歙被控之前在汝南太守任上时，量度田土不实，收受贿赂一千多万，被逮捕下狱。欧阳歙之前教授《尚书》，家族八代人都是博士，他们的门生到宫门前为他求情的有一千多人，以至于有自处髡刑（剃光头发）的。平原人礼震，当年十七岁，请求代欧阳歙而死。刘秀始终没有赦免，欧阳歙死在狱中。
7 十二月二十七日，任命关内侯戴涉为大司徒。
8 十二月，卢芳从匈奴南下，又入居高柳。
9 这一年，骠骑大将军杜茂被控指使军吏杀人，被免职。派扬武将军马成替代杜茂职务，修缮亭障要塞，每隔十里设置一个瞭望烽火台，以防备匈奴。派骑都尉张堪率领杜茂部队，击破匈奴于高柳。拜张堪为渔阳太守。张堪视事八年，匈奴不敢侵犯边塞，劝导百姓农耕，以至殷实富足。百姓编歌谣唱诵说：“桑无附枝，麦秀两歧。张君为政，乐不可支!”（采桑之后修剪掉枝条，来年可以长得更加茂盛。小麦长出两个麦穗，是吉祥的征兆。）
10 安平侯盖延薨逝。
11 交趾郡麊泠县雒将（部族首领）的女儿徵侧，十分雄勇。交趾太守苏定用法律制裁她。徵侧忿怨。
建武十六年（庚子，公元40年）
1 春，二月，徵侧与其妹徵贰造反，九真、日南、合浦等郡蛮夷响应，占领城池六十五座，自立为王，定都麊泠。交趾刺史及诸郡太守仅能闭城自守，不能反击。
2 三月三十日，发生日食。
3 秋，九月，河南尹张伋以及诸郡太守十余人皆被控量度田土舞弊，下狱死。后来，刘秀神色自若地对虎贲中郎将马援说：“我后悔之前杀郡守和封国宰相太多了。”马援说：“死得其罪，何多之有!只是死者已死，不可复生了。”刘秀大笑。
4 郡国群盗处处并起，郡县追讨。官兵一到，贼众就鸟散，官兵一走，他们又聚集起来，青州、徐州、幽州、冀州尤其严重。冬，十月，遣使者下郡国，发布文告，让盗贼们相互举报攻击，五人共斩一人后来降的，免罪。官吏们过去逗留回避或故意放跑盗贼的，都不追究，允许他们戴罪立功。州牧、郡守、县令等之前因境内有盗贼而不收捕的，或者畏惧懦弱，弃城而逃的，都不问罪，以抓获盗贼的人数多少为考核排名。只有窝藏盗贼的才问罪。于是盗贼们互相追捕，全部瓦解。将盗贼头目迁移到其他郡县，发给田土，让他们安居乐业。于是全部平定，牛马放牧都不用赶回棚厩，城门夜间不用关闭。
5 卢芳与闵堪遣使请降，刘秀立卢芳为代王，闵堪为代相，赏赐绸缎两万匹，并要他们和匈奴媾和。卢芳上书谢恩，自陈希望到京师朝见。刘秀下诏，让他明年正月入朝。
当初，匈奴听说汉朝悬赏缉捕卢芳，贪得财帛，所以故意派卢芳请降。没想到卢芳以自己投降为功劳，绝口不提是匈奴派他来的。单于耻于说出自己之前的计策，于是得不到赏赐，由此大为怀恨，对边境地区的攻击，更加深入。
【华杉讲透】
单于是应该对自己的智商感到羞耻，如果贪图赏赐，那就自己把卢芳抓来，哪有派人去投降的。卢芳知道匈奴已经不支持他，自然会自己投降汉朝，换取交换条件，哪能把自己卖了，让单于数钱呢？
6 马援上奏，应该恢复五铢钱（王莽始建国元年废除五铢钱）。刘秀采纳，五铢钱发行，天下人都感到便利。