其次是明末清初人的文集笔记及奏疏杂纂，乾隆皇帝对这一类书籍也盯得特别紧。明末，一些为救亡图存奔走呼号的直臣志士，或疏陈救国方略，或讲求经济之道，不论是前朝档案里还是民间，都流布着这一类奏疏与杂纂之作；再就是明亡后一些抱着恢复之心的士人遁迹山林，把一腔孤愤寄托于文字，他们的诗文字字都是匕首投枪，不乏对清代统治者的批判和对明朝的怀念，因此这一部分书也是禁毁的重点。如高拱的《边略》，张居正的《太岳集》，申时行的《纶扉简牍》，叶向高的《四夷考》，高攀龙的《高子遗书》，杨涟的《杨忠烈文集》，左光斗的《左忠毅集》，缪昌期的《从野堂存稿》，熊廷弼的《按辽疏稿》，倪元璐的《倪文正遗稿·奏牍》，姚希孟的《文远集》《公槐集》，袁继成的《六柳堂集》，张肯堂的《寓农初议》等，全在这场“秦火”中化为灰烬。
再就是碑铭石刻，最主要的是明末清初的碑刻遗迹。乾隆四十三年（1778）七月陕西马栏镇总兵保宁奏称，石门地方有将军庙，祀汉灵帝时中郎将孟谧。明嘉靖、万历间曾对此庙重新修葺，立有碑记，其文多妨碍本朝之字，应将此碑掩埋。乾隆皇帝谕示：掩埋仍在土中，日后掘出，其字尚在，不如将碑字尽行磨去，另拟碑文刊刻。
由此，乾隆皇帝进一步想到，直隶、山西一带沿边地方，或建有列朝边将祠碑，或刻有边防碑记，其中触碍文字自所不免，即谕令当地督抚认真察勘，如神祠、门堡、隘口所存门匾、碑碣等项违碍字样，一经发现，应磨毁者即行磨毁，能改刻者即行改刻。
其他如剧本曲本、郡邑志乘，甚至天文占验之书也全在禁毁之列。因为民间流行的地方剧曲中或有涉明季及和南宋、金朝有关的故事，郡邑志乘中也多录有悖妄之书名目和违碍记载。至于天文占验之书，妄言祸福，最易淆惑人心，更干例禁。乾隆皇帝谕令各地督抚对这一类书要特别注意，详细搜缴，一经发现，即连同板片一并解京销毁。
连前代皇帝御批过的书，也没逃过被禁毁的命运。乾隆皇帝从康熙皇帝御批过的陈仁锡刊本《通鉴纲目续编》中，发现该书在辽、金、元三朝人名、地名译音上多有讹舛之处，且书后所附《发明》《广义》各条中于辽、金、元三朝事多有议论偏谬及肆行诋毁者。此书经康熙皇帝亲加评定后，官板刊行，流布全国。乾隆皇帝谕令全国各地严密查缴《通鉴纲目续编》。
禁书活动中，所有的统治机器统统为了清查案情、追究同党、查缴书板而转动，触动了这张天网的人，或被凌迟，或被砍头，或被流放，就是坟墓里的僵尸也不放过。已经死去的违碍书籍的作者也要从坟里扒出来，被戮尸枭首示众。一书之案，往往要牵扯九族，甚至门生、故旧、刻板的匠人，统统不放过。
退直回寓，纪晓岚却抑郁寡欢。
侍姬明玕问他是不是出了什么事情，纪晓岚说：“所幸这两天送呈的书还没有出什么差错。”
明玕说：“那你该高兴才是啊。”纪晓岚说：“我高兴不起来。”明玕问：“那为啥？”
纪晓岚说：“皇上不高兴啊，这几天短不了到办书处走走，可脸上总像下了霜一样。”
明玕说：“我对你说，你们再给万岁爷呈书，要有意给他留下几处很明显的而又无关紧要的错字，这样就好啦。”
纪晓岚一惊：“这话以后在家里也不能说，记住啊！”
正说着话，布衣朋友余萧客从南京来了。
接过明玕递过的手巾擦了把脸，喝了一杯茶，余萧客说：“纪先生，有件事我真是怎么想都想不明白，我在南京时，正赶上督抚衙门监斩人犯，那刑场居然就设在大街上。那天斩的是一个刻字匠，说他刻了一部什么犯禁的书。临刑前，这个刻字匠仰天大哭：‘我上有八十老母，下有十八之妻，我死后妻必嫁人，谁来养活我老母啊。’这个刻字匠家就在刑场边，他的头被砍下，骨碌碌直滚到自家门口，犹流泪不止。纪先生，您说说，清平世界，朗朗乾坤，怎么会有这样的事？”
纪晓岚听了，半日言语不得。
[1]见《恩赐四库全书馆哈密瓜联句恭纪一百五十四韵》，《纪文达公遗集》诗卷八《御览诗》。
[2]见《谕办理四库全书出力人员梦吉、陆费墀等著分别陞用授职与赏赐》，乾隆四十三年二月二十九日，《纂修四库全书档案》上。
[3]见《谕内阁嗣后阿哥等校书错误亦应一体查核处分》，乾隆四十三年三月二十七日，《纂修四库全书档案》上。
[4]见《高宗实录》卷一○五七，乾隆四十三年五月丙戌条。又见《清代文字狱档》第四辑《刘翱供状案》。
[5]见《高宗实录》卷一○六五，乾隆四十三年八月甲申条；《高宗实录》卷一○六七，乾隆四十三年九月丁未条。
[6]见《高宗实录》卷一○七一，乾隆四十三年十一月癸丑条。
[7]见《高宗实录》卷一○六一，乾隆四十三年闰六月丁丑条。