6月12日，发表《创设师范学会章程》于《苏报》上，署扬州刘师培订。
6月22日，发表《论留学生之非叛逆》于《苏报》上，署名申叔。
6月25日，刊《亭林先生佚诗》于《江苏》第4期上，佚诗为《羌胡引》和《井中心史歌》，系反映顾炎武排满之志与兴亡之叹之作，诗后附有百字左右的记，署仪征刘师培记。
6月30日，“苏报案”发生。上海租界当局迫于清政府压力，将在《苏报》上发表《驳康有为论革命书》等文以倡反满革命的章太炎逮捕。此前，刘师培已回到家乡扬州。
7月11日，在扬州撰《黄帝纪年论》（附大事表），文末署“黄帝降生四千六百一十四年闰五月十七日书”。发表于《国民日日报》上，署名无畏，见《国民日日报汇编》第一集；又刊于本年底印行的《黄帝魂》篇首，作《黄帝纪年说》（附大事表）；收入《遗书》之《左盦外集》卷十四，仍题名《黄帝纪年说》。此文影响颇大，“不啻为舆论矗立一指明方向之界牌，使天下之士分途奔集而无歧误”。[27]因当时革命、立宪两派争胜，前者以黄帝纪年，后者以孔子纪年，该文是国内报刊最早倡黄帝纪年说者，而且成为民元前革命党人共用的纪年方法，[28]故钱玄同称其“为民国开国史上之重要文献也”。钱氏在将此文编入《遗书》时，误认为其“曾否登报，无从稽考”，[29]今当指正之。
夏，再度来到上海。
来上海的缘由，一说因“政嫌”。章士钊曾回忆：“申叔于光绪癸卯夏间，由扬州以政嫌遁沪，愚与陈独秀、谢无量在梅福里寓斋闲谈，见一少年短襟不掩，仓皇叩门趋入，嗫嗫为道所苦，则申叔望门投止之日也。时年且不足二十耳。”[30]一说因“家贫不能自给”，[31]生计所迫，来上海谋求教席。不论什么缘由，总之这次来上海后，思想愈趋激烈，“主张攘除清廷，光复汉族，遂更名‘光汉’。用‘光汉’之时期，约有五年，为前九年癸卯夏至前四年戊申秋也”。[32]
此时在上海，除与章士钊、陈独秀、谢无量等人往还外，还与因愤于清廷干涉留日学生革命活动而刚从日本归国的林獬携手共撰《中国民约精义》。该书序言所署日期为甲辰四月。[33]即甲辰四月（1904年5月）印刷出版。署名仪征刘光汉、侯官林獬。[34]已收入《遗书》。全书分上古、中古、近世三篇，从《周易》、《诗经》、《春秋》、《论语》、《孟子》等上古之作直到近人魏源、龚自珍等数十人的作品中辑录出与民约之义相关的议论，加以案语解说之。
8月7日至12月初，《国民日日报》在上海发行，由陈独秀、章士钊、张继等人主编，陈去病、苏曼殊、林獬、谢无量等均任撰述，发行未久，即风行一时，人称《苏报》第二。刘师培亦曾为该报撰稿，除在该报上发表《黄帝纪年论》外，还发表过《王船山史说申义》和诗《读王船山先生遗书》、《杂咏》。
《王船山史说申义》，载《国民日日报汇编》第二集，无署名；又刊于本年底印行的《黄帝魂》中；收入《遗书》之《左盦外集》卷十四。钱玄同在将此文编入《遗书》时，误认“《黄帝魂》中之《王船山史说申义》一篇，亦系录自《警钟日报》者”。[35]查《黄帝魂》印成于1903年12月19日（农历十一月一日），而《警钟日报》是1904年2月26日从《俄事警闻》改版而成，《黄帝魂》不可能从晚出之《警钟日报》中选录文章。章士钊则说该文是他的作品。[36]因该文发表时无署名，难以稽考。
《读王船山先生遗书》，载《国民日日报汇编》第二集，署名申叔；收入《遗书》之《左盦诗录》卷一《匪风集》。
《杂咏》，载《国民日日报汇编》第二集，署名申叔；又见于1905年2月18日出版的《政艺通报》乙巳第1号；收入《遗书》之《左盦诗录》卷一《匪风集》，个别词句有异。
10月20日，在《江苏》第7期上发表文《扬州二百六十年之纪念》、诗《书顾亭林先生墨迹后》和《咏晚村先生事》，署名申叔；《书顾亭林先生墨迹后》收入《遗书》之《左盦诗录》卷一《匪风集》。
11月，所撰之《中国民族志》由中国青年会出版，署名光汉子；收入《遗书》。钱玄同在将其编进《遗书》时，系其出版之年为民元前七年，即1905年，并注明：“此书系郑君向伦哲如君借得原印本录印，而未录原书末页所记之出版年月及处所，故今不能确知其作年。考宋渔父君（教仁）之《我之历史》（即其日记，一名《宋渔父遗著》），于民元前七年乙巳阳历八月二日记有鄂友寄来中国民族志之语，则此书殆作于前七年乙巳或前八年甲辰也，今姑系之前七年。”[37]今在北京大学图书馆得见此书原印本，末页所记内容为：癸卯十月出版，著作者：光汉子，发行者：中国青年会，发行所：上海棋盘街恒德里二十世纪丛书社；封面亦标注：癸卯十月，中国青年会出版。故系于此。
12月15日，蔡元培等人创办日报《俄事警闻》。“因是时俄国驻兵东三省，我方正要求撤退，情势颇紧张，人人注意，故表面借俄事为名，而本意则仍在提倡革命。”[38]同时，蔡元培联合刘师培以及陈竞全、叶瀚、陈去病、林獬等人发起成立“对俄同志会”，“以研究对付东三省问题之法”，[39]签名入会的达200人。
12月27日，发表词《满江红》于《俄事警闻》上，署名申叔。
本年还撰有《国文典问答》，《遗书》未收。钱玄同在《遗书》总目后记中言及此书，谓：“此书编于民元前九年癸卯，为小学校之课本，上海开明书店出版，内容颇多错误，盖不经意之作，故不印。惟附录之《中国文字流弊论》及《国文杂记》两篇，陈义甚新，今收入《左盦外集》卷六及卷十三。”
另外，诗《癸卯夏游金陵》和《癸卯夏记事》，从标题和意旨来看，当为本年之作。《癸卯夏游金陵》刊于1906年3月9日出版的《政艺通报》丙午第3号，署名光汉；《癸卯夏记事》刊于1906年2月13日出版的《国粹学报》第13期，署名刘光汉；两诗均收入《遗书》之《左盦诗录》卷一《匪风集》。
本年，邹容《革命军》、陈天华《猛回头》《警世钟》相继出版。
梁启超撰《近世第一大哲康德之学说》，连载于本年及下年《新民丛报》上。
严复译甄克思《社会通诠》成；又译出《穆勒名学》半部。
刘鹗《铁云藏龟》石印出版，为著录甲骨文字之第一部书。
王国维致力于康德、叔本华哲学研究，作《汗德像赞》（汗德即康德）。
苏曼殊（20岁）翻译雨果《悲惨世界》。
光绪三十年甲辰（1904年） 21岁
1月12日，“对俄同志会”决议将《俄事警闻》定为该会机关报，并扩大篇幅，改名为《警钟日报》，正式改版则在2月26日，篇幅增加一倍，蔡元培负责编辑。不久汪允宗接任编辑，夏秋间又由刘师培与林獬接办，直到1905年3月被清政府查禁为止。刘在《警钟日报》上发表大量诗文，主笔政时“尤能针砭时政，阐扬革命，深博社会称许”。[40]
1月17日，在《中国白话报》第3期上发表词《满江红》，署名申叔。
1月31日，在《中国白话报》第4期上发表诗《昆仑吟》，署名刘光汉。
本月，撰成《攘书》，随即出版。该书目录释题曰：“攘，《说文》云，推也，段注以为即退让之义。吾谓攘字从襄得声，辟土怀远为襄，故攘字即为攘夷之攘，今《攘书》之义取此。”“豕韦之系，世秉麟经，我生不辰，建虏横行，鉴于前言，扶植人极，炎黄有灵，实凭实式。黄帝降生四千六百十四年十二月，刘光汉识。”[41]由此目录释题可知《攘书》之义和撰成时间，黄帝降生四千六百十四年十二月即癸卯年（1903年）十二月，亦即公历1904年1月。1904年1月31日至2月12日的《俄事警闻》连续刊登广告：“空前杰著，《攘书》上卷，共十六篇，月内出世，刘光汉撰。”可见该书撰成后迅即出版。按《攘书》全书共十六篇，并无下卷。已收入《遗书》。
另外，从《攘书》所载来看，刘师培此时与夏曾佑有交往，夏氏历史观念对其产生一定影响。[42]
2月16日，在《中国白话报》第5期上发表文《长江游》和《中国理学大家颜习斋先生的学说》，署名光汉。
2月28日，致信于时任湖北巡抚、署湖广总督的端方，纵谈华夷之防、清廷暴政，明言“汉族光复，此其时矣”，劝端方“舍逆从顺”。[43]署名刘光汉。原件存中国第一历史档案馆藏“端方全宗档案”中。
3月1日，在《中国白话报》第6期上发表《黄黎洲先生的学说》，署名光汉；在同期上还发表《论激烈的好处》，署名激烈派第一人。
3月13日，参加“对俄同志会”第二次会议。与会成员以时局变化，“非复可以对俄二字为吾人唯一之责任”，议决改名为“争存会”，“以养成国民资格，抵制外界压力为宗旨”。[44]
3月17日，在《中国白话报》第7期上发表《王船山先生的学说》，署名光汉。在《江苏》第9、10期合本上发表《中国对外思想之变迁》，署名申叔。又《警钟日报》1904年6月20、21日刊有《论中国对外思想之变迁》，内容和文字与刊于《江苏》上的近似。钱玄同在《遗书》之《左盦外集》目录后记中说：“前八年甲辰，刘君在上海任《警钟日报》主笔，所撰文字为余今忆及者，有《思祖国篇》、《论中国对外思想之变迁》诸篇。”[45]钱指的是发表在《警钟日报》上的那一篇，但未注意到《江苏》杂志上已先发表类似之文。
3月31日，在《中国白话报》第8期上发表文《西江游》，署名光汉；发表诗《元旦述怀》，署名申叔。
4月7日，《警钟日报》刊登《争存会变更议案》，其中有刘师培之议案。因对俄同志会改名为争存会后，入会的人很少，故刘提议将争存会并入中国教育会，认为“扩张教育会之范围，即以实达争存之目的”，不必另立机构，以分教育会之力。议案未被通过。
按《中国白话报》“历史”栏中，分类连载了谈中国历史的文章，其中前三章《人种》、《政体》、《交通》为白话道人（林獬）作，第四章《学术》起主要为刘师培之作。