12月13、14、17日，在《警钟日报》上发表《近儒学案序目》，署名仪征刘天［光］汉；又见12月21日出版的《政艺通报》甲辰第21号，标题中无“目”字，署名刘光汉；收入《遗书》之《左盦外集》卷十七。
12月21日，在《政艺通报》甲辰第21号上发表《习斋学案序》、《幽蓟颜门学案序》、《并青豫雍颜门学案序》；又见12月29日《警钟日报》，署名光汉；收入《遗书》之《左盦外集》卷十七。
本年，编定《匪风集》。
在1904年9月7日至12日发表的《甲辰年自述诗》中自注：“予著《匪风集》诗词”；在《左盦诗》自序中又说：“年际弱冠，浸润世论，西江之体研钻较劬。曾裒所作，刊为《匪风集》。”[51]另外，《警钟日报》1904年11月6日刊出署名自芸的诗《赠仪征刘光汉，即题〈匪风集〉》，11月25日该报又刊出丹斧的《读〈匪风集〉诗，赠光汉》。可见《匪风集》至少在本年已编定。钱玄同认为《匪风集》“编定时当在丙午丁未间”，[52]即1906年至1907年间，理由是《匪风集》手稿篇首初署“仪征刘光汉”，后改“光汉”二字为“师培”；改名时间应在丙午丁未间，因此时刘避地日本，“光汉”之名不能用于国内，故改回旧名“师培”。或许钱玄同未注意《警钟日报》上的《甲辰年自述诗》及其他谈到《匪风集》的文字，才有此判断；或刘在丙午丁未间对《匪风集》又重新编定，因《甲辰年自述诗》自注为“予著《匪风集》诗词”，现所见收入《遗书》之《匪风集》却仅收诗55首，无词。未见原稿，存疑待考。
本年，出版《光汉室丛谭》，由《警钟日报》编印，署名光汉子，内容为有关民族之史乘。[53]
1906年5月13日出版的《国粹学报》第16期刊有《光汉室丛谈》四则，署名刘光汉；《遗书》据此收入《左盦外集》卷二十，系于1906年；赵万里《刘申叔先生著述目录》（《北平图书馆月刊》第1卷第6号）亦标作：光汉室丛谭四则，国粹十六期。按《遗书》所收，字数仅千，四则分别为：梁公狄诗、汤燕孙诗、吴梅村病中有感词、秣陵春，题旨为表彰明末清初有气节之士。如此字数，不足单出一册，或此四则仅为全书之一部分。因未见原书，存疑待考。
本年，作诗《后湘汉吟》，收入《遗书》之《左盦诗录》卷二《左盦诗》。
本年，日本突袭旅顺，日俄战争爆发。
章太炎被判刑3年，开始在租界监狱研读佛典。
严复出版《英文汉诂》，是中国使用标点符号之始。
王先谦刻成《尚书孔传参正》。
孙诒让撰成《契文举例》二卷，分月日、贞卜、卜事、鬼神、卜人、官氏、方国、典礼、文字、杂例十类，为第一部考释甲骨文之书。
光绪三十一年乙巳（1905年） 22岁
年初，加入邓实、黄节等发起成立的“国学保存会”。（邓实在《国粹学报》第1期发表的《国学保存会小集叙》中说：“甲辰季冬之月，同人设国学保存会于黄浦江上。”按公历计，当为1905年初成立国学保存会。）
国学保存会的宗旨为“研究国学，保存国粹”，[54]它设有对外开放的藏书楼，开办了国学讲习会，拟设国粹学堂，公布了简章，后因经费无着而作罢；还发行《国粹丛书》、《国学教科书》，并设立神州国光社，出版《神州国光集》等。加入该会的除上述几人外，还有陈去病、马叙伦、高天梅、马君武、柳亚子、黄质（宾虹）等人，章太炎则是该会成员的精神领袖。从此，“国粹派”崛起于历史舞台。刘师培在其中发挥了主要作用，出任国学讲习会正讲师。
此时还曾往日本占领下的台湾一游，写下长诗《台湾行》，刊于本年2月23日出版的《国粹学报》第1期，署名刘光汉；收入《遗书》之《左盦诗录》卷四《左盦诗别录》。
1月6日，在《警钟日报》上发表诗《和孟厂［广］作》，署名光汉。
1月17日，在《警钟日报》上发表《光汉室诗话》，记与朋友谢无量、马君武、王郁仁、陈去病等在上海聚饮唱和所成之诗，内有其诗作四首，即《饮酒楼》、《赠君武》、《赠无量》、《游张园》。
2月18日，在《政艺通报》乙巳第1号上发表诗《读天演论》（二首）、《寒夜望月》、《杂咏》，署名申叔。《读天演论》又刊于1905年10月28日出版的《醒狮》第2期，收入《遗书》之《左盦诗录》卷一《匪风集》；《寒夜望月》收入《遗书》之《左盦诗录》卷一《匪风集》；《杂咏》已系于1903年8月至12月。
2月23日，国学保存会的机关刊物《国粹学报》创刊发行。
《国粹学报》为月刊，由邓实主编，以“发明国学，保存国粹”为宗旨，所设栏目有社说、政篇、史篇、学篇、文篇、丛谈、撰录等，是当时革命派创办的唯一的学术性刊物，至1911年9月停刊（实际停刊日期当在1912年2、3月间，因最后一期所载文已提及“满清退位，汉德中兴”。清室退位是在1912年2月12日，故该期应在此事后方出版），未曾中断，共出版82期。撰稿者百余人之多，其中著名者有邓实、黄节、陈去病、刘师培、马叙伦、章太炎、黄侃、王国维、罗振玉、王闿运、廖平、李详、柳亚子、郑孝胥等。刘师培是《国粹学报》的主要撰稿人，在《国粹学报》上先后连载其著作33种。该刊82期，除两期外，都有他的诗文。据统计，在《国粹学报》刊登的全部2164篇文章中，他的文章为377篇，占总数的17。4%，[55]尽管邓实是主编，但邓与黄节主要负责该刊的经费和发行等对外业务，刊物内容之编辑由他全权定夺。[56]有人推断创刊号上的《国粹学报发刊辞》也为他所撰。[57]
《读左札记》（未完），连载于《国粹学报》第1、3、4、8、11、13、18、20、22期，出版时间从本日到1906年11月6日，署名刘光汉；收入《遗书》。
《国学发微》（未完），连载于《国粹学报》第1至14、17、23期，出版时间从本日到1906年12月5日，署名刘光汉；又见《广益丛报》第96、105号；收入《遗书》。
《周末学术史序》，连载于《国粹学报》第1至5期，出版时间从本日到1905年6月23日，署名刘光汉；收入《遗书》。是拟著之《周末学术史》一书的序目。
《论文杂记》连载于《国粹学报》第1至10期，出版时间为本日到1905年11月16日，署名刘光汉；收入《遗书》；1928年由北平景山书社作为“文学批评丛书甲种之一”出版单行本。
在本日出版的《国粹学报》第1期上，还发表了《论古学出于史官》、《文章原始》、《读书随笔》以及若干诗词与跋文。
《论古学出于史官》，署名刘光汉；收入《遗书》之《左盦外集》卷八，改题为《古学出于史官论》。
《文章原始》，署名刘光汉；收入《遗书》之《左盦外集》卷十三。
诗《齐侯罍歌》，署名刘光汉；收入《遗书》之《左盦诗录》卷四《左盦诗别录》。
词《扫花游·读南宋杂事诗》、《桂殿秋·望月作》、《如梦令·游丝》、《长亭怨慢·送春》，署名刘光汉；收入《遗书》之《左盦词录》。
在《国粹学报》“撰录”栏中，收有若干前人与时人之文，曾为之作跋文，发表在《国粹学报》第1期上的有《跋顾亭林手札》、《跋王怀祖与宋定之书及王伯申与焦理堂书》；收入《遗书》之《左盦题跋》。
3月20日，在《政艺通报》乙巳第3号上发表诗《杂咏》、《孤鸿》、《效长吉》，署名申叔；收入《遗书》之《左盦诗录》卷一《匪风集》。
3月25日，《警钟日报》被查封。
因《警钟日报》发表文章揭露德国人经营山东之密谋，驻上海德国领事致函申辩，报纸又登文反驳，德领事遂勾通清廷与租界工部局，由租界会审公堂封禁《警钟日报》，拘捕报馆成员，通缉作为主笔的刘师培。刘只好逃至浙江嘉兴，匿居于平湖大侠敖嘉熊家。敖是爱国学社学生，1904年秋出资与陶成章、魏兰、陈梦熊等在嘉兴组织温台处会馆，这既是一个专门从事联络苏南浙北一带的浙江温州、台州、处州客籍移民的机构，又是一个联络会党策动革命的机关。刘既匿居敖家，“嘉熊亦善视之，与商理温台处会馆事宜”。前后约半年之久。[58]
《南北学派不同论》，连载于本期和第6、7、9期《国粹学报》，出版时间为本日至1905年10月18日，署名刘光汉；收入《遗书》。
《论古代人民以尚武立国》，署名刘光汉；收入《遗书》之《左盦外集》卷十。
《重刊洪氏元史西北地附录释地序》，署名刘光汉；收入《遗书）之《左盦外集》卷十七，标题中之“刊”作“刻”。
《读书随笔》，署名刘光汉，子目为《音韵反切近于字母》、《景教源流》、《有教无类》、《孟子字义疏证解理字》、《性善性恶》；收入《遗书》。