这时一个穿黑衣服的矮个子从人群中蹿出，很快逃进茫茫夜色中。
黄兴和于右任冲过去，宋教仁一手扶着铁栏杆，一手捂着腹部，鲜血从他的指缝里汩汩流出。
“钝初中枪了，快上医院。”黄兴又指挥随行的人立即报警，赶紧找车。
巧得很，车站外正好有一辆汽车。众人把宋教仁抬上汽车，令司机以最快速度开往最近的沪宁铁路医院。
经医生检查，子弹击中后腰斜穿到下腹部，医生认为肾脏、大肠恐怕都被打中，伤势严重，必须立即手术取出子弹，黄兴和于右任经商量同意尽快手术。12点半开始手术，到1点多才结束，医生从宋教仁的小腹部取出一枚子弹。大家松了一口气，黄兴便到警视厅去交涉追凶的事宜。
然令人震惊的是，宋教仁所中的子弹上有毒！
此时陪同宋教仁的是于右任，他比宋教仁大三岁，也是老同盟会员。他热衷于办报，《神州日报》《民立报》都是他所创办。宋教仁两年前从日本回到上海，才与于右任相识，但两人一谈，真是相见恨晚。于右任很赞同宋教仁的政党内阁主张，约请他为《民立报》的编辑，从此《民立报》成了宋教仁宣传主张的重要阵地。
于右任得知子弹有毒，知道宋教仁凶多吉少，就问道：“钝初，克强已经去交涉追凶事宜，你有什么需要我办的，交代我好了。”
“于兄，我身无长物，只积下了一些书籍，南京、北京还有东京都有，这些书将来你帮我全部捐入南京图书馆。我家中一向贫寒，老母尚在，将来还要拜托各位代我照料。”
于右任点头道：“你放心好了，我一定办到。”
宋教仁又想起了自己的儿子：“于兄，我父亲去世时，我只有十岁，那时感觉天都塌了。如今我的孩子只有十多岁，没想到，小小年纪也将没了父亲。不能陪伴儿子成人，想起来真是心如刀绞，我真是……愧对儿子。”
于右任也为人父，舐犊之情自然感同身受，禁不住也流下泪来。
宋教仁反倒劝慰于右任道：“于兄，不必难过。我们舍生忘死，不就是为了孩子将来不受专制之苦吗？诸位同志还要继续奋斗救国，勿以我为念而放弃责任。”
说完这番话，宋教仁脸白如纸，痛苦难当。一会儿双手抱肩，一会儿十指互绞，于右任等人苦于不能与他分担，纷纷落泪。天亮时黄兴回来了，众人商议后，院方决定进行第二次手术，取出流出肠外的食物及污血，再对大肠进行清洗、缝补。经过这番手术，宋教仁伤情更加恶化，一度昏迷，他醒过来后道：“我费尽了苦心，推行政党政治，是希望中国免于沦入暴力革命的深渊，可是造谣者和一般人民不理解我的苦心，每多误解，我真是死不瞑目。”
黄兴劝慰道：“你的主张，已经被大多数人所接受。”
“果真如此，我心甚慰。克强，人固有一死，死我不惧。只愿我死后政党内阁能够得以实现，民主的曙光能够照耀中华。克强，你替我记录一份电报，给袁总统。”
于是宋教仁断断续续口述，黄兴记录下来：
北京袁大总统鉴：
仁本夜乘沪宁车赴京敬谒钧座，十时四十五分在车站突被奸人自背后施枪，弹由腰上部入腹下部，势必至死。窃思仁自受教以来，即束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。清政不良，起任改革，亦重人道，守公理，不敢有一毫权利之见存。今国本未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。临死哀言，尚祈鉴纳。宋教仁。哿。
宋教仁被刺的消息，袁世凯最先通过路透社记者的电稿获知，但不得详情，他立即打发人去叫赵秉钧。一会儿赵秉钧就到了，问：“大总统，宋钝初被人暗杀，是真的吗？”
袁世凯回道：“我也是刚从路透社的电稿中知道。”
“都知道钝初北上是前来组阁，如今他被人暗算，好事者难免会胡乱猜测，造谣生事。”
“智庵，清者自清，浊者自浊，稍安勿躁。”袁世凯又转头对秘书长梁士诒说，“钝初是国民党中难得的人才，竟然被人暗算，真不知是何人出此狠手。”
梁士诒摇了摇头道：“这就难说了。国民党内风头正健，其他三党都遭到惨败，恨他的人不知凡几。”
袁世凯叹道：“岂止如此，国民党内派系纷乱，动不动就自相残杀。几个月前，国民党的李燮和、陶骏保、陶成章、夏瑞芳不是被暗杀了吗？据说就是自己人干的。国民党有搞暗杀的传统，安徽巡抚恩铭被刺，五大臣出洋被炸，汪精卫刺杀醇亲王，就是我也差点被他们炸到，这都是国民党办的好事。”
赵秉钧接话道：“大总统，我们应当立即给江苏方面发电，让他们尽快破案，抓获凶手，真相大白于天下，才可避免谣言飞短流长。”
梁士诒立即附和：“对，是应当给程都督发一封电令，但至今尚未收到确切消息，似乎不宜太过操切。”
到了十一点多，宋教仁的电报到了，袁世凯看罢递给梁士诒道：“燕孙，钝初受伤很重，好在上海西医院多，医生水平也高，但愿能救钝初一命。”
梁士诒回道：“我替大总统拟个电稿，立即发给钝初。”
“好，钝初是人才，要表达出我的爱惜之意。还有给程都督发电，让他尽快缉拿凶手，也一并拟来。”
梁士诒安排人起草电稿，大约半个多钟头，两份电稿都起草完了，发给宋教仁的电报如下：
上海宋钝初先生鉴：阅路透电，惊闻执事为暴徒所伤，正深骇绝。顷接哿电，方知其详。民国建设，人才至难。执事学识冠时，为世推重。岂意众目昭彰之地，竟有凶人敢行暗杀。人心险恶，法纪何存。唯祈天相吉人，调治平复。幸勿作衰败之语，徒长悲观。除电饬江苏都督、民政长、上海交涉使、县知事、沪宁铁路总办重悬赏格，限期严拿凶犯外，合先慰问。袁世凯。马。
袁世凯看罢，连连点头表示满意。但稍作思考，提笔在“为世推重”后加上一句，“凡稍有知识者，无不加以爱护。”
再看发给江苏都督程德全的电报，写的是：
接宋钝初君电稿，哿日乘沪宁夜车赴京，十时四十五分，在车站突被奸人自背后施枪，弹由左腰上部入腹下部等语。车站为众目昭彰之地，竟有凶徒敢行暗杀。该管巡警所司何事。人心险恶，法纪何存。瞻望前途，曷胜忧愤。即著该都督、民政长、交涉使、县知事暨铁路总办，立悬重赏，限期破获，按法重惩。一面由该交涉使、县知事亲莅医院慰问宋君，切劝静心调治，以期速愈。此令。大总统。箇。