袁世凯的回电，不但再次表示反对成立特别法庭，而且含沙射影，指责黄兴不能为人道、大局计，不顾法理与事实。的确，如果仅凭赵秉钧曾经给应夔丞密码电报，并让他有事直接电告国务院，就认为他是刺宋案的主谋，也的确太过勉强。因为作为国务总理，给有江苏巡查使名头的应夔丞发一本密电码并要求直接发电，并无任何不妥。
司法总长许世英夹在中间难以自处。南方怪他阻挠成立特别法庭，袁世凯又坚决反对。因此他递交辞呈，表示即日起就不再到部办公。
袁世凯不准许世英辞职，对成立特别法庭的要求也不愿多理睬，此时，他的心思完全放在了善后大借款上。因为政府入不敷出，真正到了揭不开锅的程度，何况南北战争已见端倪，他不能不为军费做准备。善后大借款双方在4月中旬基本达成协议，只等正式签约。这笔借款年息五厘，期限四十五年；五国是通过发行债券筹集，债券是以九折出售，还要扣除百分之六的佣金，所以中国是按百分之八十四实收，净收入其实是两千一百万英镑。
借款的用途，五国银行团做了严格的规定，一是用作偿还积欠外债。八国联军入侵北京后签订的四亿五千万两的庚子赔款都由各省拨还，各省皆有抵押，当时已积欠六百余万镑，一旦不能偿还，则各省抵押物即不能保全。二是用作清偿各省历年自借之款。此时已积欠二百八十余万镑，民国以来，本息无着，只能仰赖借款。三是用作赔偿外国商人在辛亥革命中所受损失约为二百万镑。四是用作各省裁兵费，大约为三百万镑。五是拨充六个月的中央行政费、崇陵工程、大学堂工程费及清室优待费，约四百多万镑。六是整顿盐务之用，约为二百万镑。以上六项，算下来两千万镑左右，实际能到手的寥寥无几。而本息合计，四十七年到期，中国共需偿还接近六千八百万英镑，损失不为不重。
除了沉重的利息负担，五国银行团还附加了条件。这项借款以中国盐税、海关税及直隶、山东、河南、江苏四省所指定的中央政府税项为担保。为此，中国政府要在北京成立盐务署，内设稽核总所，由中国总办一员、洋会办一员，专任监理各项事务。在各产盐地区设稽核分所，设经理华员一人、协理洋员一人，会同负责盐税征收、存储事宜。而且规定盐税的存储、提用必须总办、会办会同签字。这实际将中国盐政和盐税收入完全置于洋人控制之下，像海关一样，沦为洋人控制的机构。
国民党因宋教仁被杀，仇恨袁世凯政府，但又无过硬的证据证明赵秉钧、袁世凯为主谋，憋了一肚子火，正好善后大借款的事情此时透露出来，无异找到了一个出气孔。
4月24日，北京《顺天时报》首先发表了借款将成的消息。刚刚担任参议院正副议长的国民党人张继、王正廷闻讯，立即发表反对通电，指责袁世凯政府预谋“擅自签押，违法专行”，呼吁全国人民设法挽救危机。张、王的通电立即在全国掀起舆论大潮，从孙中山到黄兴再到国民党各种报纸、国会的国民党议员，全都站出来指责善后大借款违法、卖国。
黄兴在发给大总统、国务院、参议院、众议院、副总统、各省都督、民政长、省议会的电报中，先是指责善后借款未经国会批准，而后与宋案联系起来，“今宋案证据已经发表，词连政府，人心骇皇。倘违法借款之事同时发生，则人心瓦解，大局动摇，乃意计中事。兴襄随国民之后，尽瘁国务，略知民意所在。此种举行，兴逆料国民决不承认，敢申忠告，冀幸当局者停止进行……非得人民画诺，一文不敢苟取。”
孙中山发给各国驻沪领事的电报，则直接将善后大借款的目的归之为用于战争，“北京政府未得巨款，人民与政府尚有调和之望，一旦巨款到手，势必促成悲惨之战争，此可预言者也。世界文明各国，莫不尊重人道，用敢奉恳各国政府、人民，设法禁阻银行团，俾不得以巨款供给北京政府。”他还亲自到上海汇丰银行交涉，要求他们电阻总行签字。
不过，在各国看来，孙中山和国民党才是中国和平最大的威胁。眼看战争一触即发，五国银行团决定在关键时候支持他们看好的袁世凯，于26日晚上在汇丰银行签字，并立即支付二百万英镑。
国务总理赵秉钧、外交总长陆征祥、财政总长周学熙赶往位于东交民巷的汇丰银行，却发现国民党数人堵在大门口，原来他们得到消息，赶来阻止签约。几个人于是避开大门，从侧门而入，进行最后一次谈判。里面谈，外面则在叩门，要求见银行大班。银行大班派出一个三等秘书去应付，告诉他们借款签约是银行团与政府之间的行为，贵党无干涉之权。外面的国民党人仍然不肯散去，于是大班吩咐招印度红头阿三——也就是印度籍巡警来驱散，银行的守卫则哗哗啦啦拉枪栓，把反对签约的国民党人赶走。
中国已经与五国银行团签约借款的消息一发布，亲国民党的媒体一片骂声，不但骂袁世凯、赵秉钧，连财政总长周学熙也骂得狗血喷头。赵秉钧既陷入刺宋案，又陷入大借款的风潮中，于是来了个以退为进，以病为由，向袁世凯请辞。
“不可，智庵。此时你不能告辞。他们正盼着你辞职呢，不能便宜他们。有时候，嫌疑不是能避掉，你越避越洗不清。他们是想找理由南北决裂，没什么好怕的，我巴不得他们来硬的。”
最后，袁世凯准了赵秉钧半个月假。那国务总理谁来代？他决定请唐绍仪再次出山，借他与孙中山等人的密切关系来调和南北。这时候已经从上海北归的杨士琦却劝道：“大总统，南北关系如果能够调和得了，当然请少川出山是个不错的主意。可是，南方的决心很大，调和未必有用。大总统别忘了‘清君侧、诛晁错’的典故。事情既然已经到了不可调和的地步，白白把总理之位让给他人又有何益？请大总统三思。”
“中，我差点犯了糊涂。”于是袁世凯立即命人追回任命唐绍仪代理总理的总统令，改任自己的嫡系、陆军总长段祺瑞。
这时候，青岛的洪述祖又发了一个通电，在电报中解释自己为什么要“毁宋”，“述祖于辛亥秋，与唐绍仪在北方赞成共和，本为救国起见。一年以来，党争日剧，怪状百端，使全国陷于无政府地位，心窃痛之。尤以上年宋教仁等连带辞职，要挟中央，为党派专制祸始。中国教育幼稚，人才缺乏，合全国稳健分子，立贤无方，共谋政治，尚虞不济。宋教仁乃欲借政党内阁之说，以遂其植党营私之计，垄断政界，党同伐异。一室操戈是共争，非共和也，是党派专制也。其弊甚于清朝贵族专制，其祸必至于亡国灭种。非讦发宋之劣迹确据，宣布中外，不能毁其名誉，败其势力。述祖恐人微言轻，不得不假托中央名义，以期达此目的。又因总理不接洽，故索取密电一手经理。”他把赵秉钧以及袁世凯的嫌疑都解脱了，又为自己解脱，“述祖宗旨不过欲暴宋劣迹，毁宋名誉，使国民共弃之，以破其党派专制之鬼蜮而已。”“试思述祖如果欲戕其性命，何用重金购觅提票，以毁其名誉耶？”“再，毁人二字系北京习惯语，人人通用，并无杀字意义在内，久居京中者无不知之，岂能借此附会？”
洪述祖的电报对赵秉钧来说简直是及时雨，这时候特别法庭又连发两电催他南下出庭，他以洪述祖的电报自辩，说洪述祖与应夔丞两人通电，自己一概不知道，完全是洪述祖假借中央名义，“宋之被刺，正犯为武士英，嫌犯为应夔丞，与洪述祖究有如何干系，尚未判定。至于挟鄙人出庭，则系野心枭獍，谋夺政权，借端发难，血口喷人。且鄙人旧疾复发，已向大总统告假，正在养病，自不便赴沪。”
国民党报刊发文称北京政府有意陷害，栽赃黄兴。但国民党搞暗杀却绝非空穴来风，湖北、浙江、湖南、河南等地都发生了暗杀事件。驻扬州的苏军第二军军长苏宝山，尊中央，抑民党，结果收到熟人送木匣一个，内有古瓷花瓶，当他打开时烟焰四射，瞬间爆炸，当场炸死，而策划者就是陈其美组织的“锄奸团”。湖北暗杀事件则更多，军法处长办公室被炸毁，都督府高等密探一家四口被人乱刀砍死，更有女子暗杀队成员身藏炸弹，以告密为名要见黎元洪，幸亏被卫队搜出炸弹而幸免。湖北破获的暗杀、破坏案十余起，查获了大量枪支、炸弹。
袁世凯发布了《除暴安良令》，令“各省都督、民政长，转令各地方长官，遇有不逞之徒，潜谋内乱，敛财聚众，确有实据者，立予逮捕严究。其有无知愚民，或被人诱胁，或转相惊扰者，一并婉为开导，毋得稍涉株连。”
袁世凯此举，被国民党解读为欲军事压制民意。议员在参众两院大骂袁世凯，亲国民党的报纸也指责袁世凯要拿大借款发动战争，周学熙也被骂为助纣为虐的屠夫。周学熙何曾受过这种辱骂，他来到总统府道：“大总统，我也知道善后借款有伤中国主权，但总还不至于到丧权辱国的地步。大借款也不是我提出来的，何必如此糟蹋我的名声！我也是读书知廉耻的人，若论救国富民，我在直隶的功绩，可以拍着胸脯说无愧于心！怎么一当了财政总长，在他们眼里就成了不知廉耻之辈？他们知廉耻，那请他们告诉我，除了借款，他们可曾有别的办法？他们只知一味漫骂，这于国于民不知有何好处？他们口口声声为民请命，他们是为民吗？”
袁世凯笑道：“要说他们为民，母猪也能上树！缉之，这就是政党政治。”
“大总统，我要请辞，你还是放我回去办实业吧。共和这样的国体，我看比大清好不了哪里去。”
“缉之，稍安勿躁。我准备对报纸实行审查，不准他们这样泼妇骂街。现在我正处困难之中，无论如何你受点委屈，帮我渡过难关。”
当天晚上，袁世凯召集代理国务总理段祺瑞、秘书长梁士诒、海军总长刘冠雄、内务总长赵秉钧等心腹，密议形势及应对办法。
“湖北没什么，黎本唐此电的目的其实就是表明湖北的态度。他在电报中说，黎公不为所动，湖北绝对不附和，李烈钧等虽野心勃勃，但无所凭借，犹幕上燕，釜中鱼罢了。”段祺瑞回道。
黎本唐本名唐克明，因为攀附黎元洪，改名黎本唐。他致电段祺瑞，可想而知，是受命于黎元洪，向北方表明态度。
“湖北太重要了，地当南北要冲。辛亥革命爆发于此，绝不能让不逞之徒据有此地，宋卿的态度至关重要。”袁世凯交代道。
“黎公此前来过密电，最近湖北很不稳，他很担心黄克强到湖北去。”
“我们必须把宋卿拉到我们这边来。前些时候宋卿不是请饷吗？如今借款已经到手一部分，先拨给他一百万元，让他坐稳湖北。”
江苏的情形亦不乐观。段祺瑞的心腹徐树铮派到江苏的谋士发来密函，江苏的军队服从中央的稳健派大约三分之一，敌视中央的激烈派占三分之一，还有或左或右的不稳定派也占三分之一。态度最激烈的当属上海陈其美的部下，蛊惑暴动，驻南京的一个师已与江西李烈钧部联成一气。苏州的第二师较稳健，徐州的第三师态度不明，镇江的两旅则已经受到上海影响。
“江苏革命党的势力太强，程纯如又太容易动摇，实在不能叫人放心。倒是我老师是江苏的压舱石，但愿他能与纯如维持住江苏的局面。”
“江苏的局面能不能维持得住，关键看军事实力。如果北军有必胜之势，江苏则稳，否则纯如必动摇。”段祺瑞最相信武力，于是开始商讨如何加强军事。第一条便是多购军火；第二条便是向湖北和苏北调兵。
仅靠武的一套当然不行，还有文的一套。一是由交通部下令各电报局，凡是反对借款、议论刺宋案的电报一律不准发；二是严令各省都督严密防范，禁止各类集会公开演说借款及刺宋案；三是采取审查制度，不准报纸登载。
所议事项颇多，一直议到半夜。临结束时，袁世凯道：“梁任公说为政者要善用舆论，我看芝泉明天就召开个新闻通气会，对各种浮言一律驳斥。”