在李鸿章看来，都兴阿督战只是一方面，另一方面是为满人前来分功。太平军及东捻败亡，靠的主要是湘军与淮军，满人功勋不显。如今追剿西捻，满人有直隶总督官文、三口通商大臣崇厚，大概犹嫌不足，因此再派都兴阿前来。不过这三人所部，主要分布在直隶北部，都是摆摆样子，只算助威罢了，真要能硬碰硬打仗，他们早就到减河南岸来了。李鸿章看得通透，因此趁机上奏，恳请都兴阿率部前来参加会剿。朝廷回复，都兴阿部严防减河，防捻北窜袭扰京师，而替出的淮军立即参与追剿作战。
形势正在变得明朗，李鸿章的把握也越来越大，更让他欣慰的是刘铭传于六月初到达德州大营。他见到李鸿章后愣怔了好久，眼圈一红道：“爵帅，几个月不见，您竟成了这副模样……”
李鸿章的模样比之腊月祝捷时，黑了，瘦了，本来就高的颧骨更加凸起，眼角灰暗，两鬓添白，在刘铭传眼里，陡然老了好几岁。
“咳，内外交逼，没办法。”李鸿章倒不甚为意，“我坚持长墙圈河，上面逼着数路围剿。大军屯在河防上，时间愈久，我心里越是不安，只怕功败垂成，让捻子突了出去，那时候就百口莫辩。”
刘铭传支持道：“不管他们，上面全是纸上谈兵，对付捻子只有长墙圈河一法，爵帅必须坚持。”
“我这人没别的好处，固执己见能做得到。可是要办成一件事情，方法对了还不够，只有你一个人坚持还不够，必须让更多的人来支持，和大家一起合起手来才能做得成。”李鸿章这几个月来，一直在做的就是这件事情，他放下钦差大臣的架子，频频书信往来，终于争取到安徽、河南、山东三省巡抚的大力支持，对左宗棠除了主动拨给他洋枪洋炮，还亲自会见相商，最近河防的效果显现，左宗棠也开始上心支持。
“胜则争功，败则诿过，这是官军的痼疾。不过，要彻底剿平捻患，又非大家携起手来不成。所以，我淮军不要怕人家来争功，还要主动让功。”李鸿章怕刘铭传锋芒太盛，与其他各军配合不好，因此先打预防针。
“爵帅放心，这几个月我也有些心得。”刘铭传在家养病的几个月，一边读书一边静思，确实有所收获，“我们常说舍得舍得，有舍才有得，先舍后才得。有时候你看上去是得到了，其实失去的反而更多；有时候你暂时失去了，但长远看可能得到的更多。再说，人生有限，世事纷纭，人哪里争得过来？譬如军功，我已经做到了提督大员，又何必斤斤计较？我这次出山，不是冲着军功来的，是纯粹为了帮爵帅了事而来。”
“好得很，省三有此感悟，这几个月的假也值了。你说得不错，人不能只为功名，更要了事。你想想那些青史留名的，必是做成了几件大事，让人想忘也忘不了。”李鸿章也有所感悟，但与刘铭传有所不同，“这些天我也在想，要以我的脾气，咱谁也不靠，就靠咱淮军兄弟，咬咬牙也能把捻子灭了。可是后来我觉得，做事不能如此想，如果你觉得自己对了，就谁也不理，怀着‘我做给你们看看，到底谁对’的想法，那你就错了，必不能成事。一个人要做事、要成事，必须让越来越多的人赞同，让越来越多的人跟着你来做，不管打仗，还是民政，还是办洋务，无一不是如此。曾老师教导我，做事以找替手为第一要义，我想再补充一句，做成事要以邀集同道为第一要义。”
“爵帅想得深远，不过我现在关心的是前线局势到底如何。”刘铭传最为关心的是他即将奔赴的战场形势。
“扯远了。战场局势，有利有弊。先讲利：今年漳卫河上游水势充沛，运河水涨，不但运河水涨，就是马颊河、徒骇河也是水势颇大，鲁北如今处处泽国，有些地方平地水深二三尺，捻子的马队优势不能发挥。捻子这一阵连吃败仗，骡马、辎重、粮食损失不小。前日捕到了张宗禹的一个亲兵，他说张宗禹现在最怕的就是被围，所以严令部众不要与官军恋战。又说捻子烟土没了，呵欠连连。省三你想，张宗禹是个鸦片鬼，他的几个兄弟子侄也都有此嗜好，大烟没了是什么滋味？他这个人专以智取，凡多智者，必然胆怯，凡烟瘾重者，必然气馁。好几次捻子扑犯运河，官军本来立脚未稳，捻子大可一扑而过，我的心都提到嗓子眼上，可是他们却狐疑而退，不敢久攻。我敢断言，即使将来他们要抢河逃命，张氏兄弟必不肯领头，他们不领头，其余捻众也未必能上前。所以淮军兄弟一旦与捻子相遇，就放胆来打，咬紧牙关坚持，必能大破捻子。这是利。不过弊也很明显，就是官军大帅太多，如今又来了个都兴阿。贼一首而官军数帅，令出多门，到时非误事不可。如今官军主力都到了马颊河、陡骇河边，河防上的官军如果稍有疏忽，捻子狗急跳墙，可能抢渡而去，这是我最担心的，不过，我已经请湘军水师进入运河了。”
决战时刻终于到来。
半个月来连降大雨，西捻军马队再也不能纵横驰骋，而河防加固后，李鸿章从河防上抽调人马，加入追剿部队，马颊河与徒骇河之间的狭长的区域，到处都有官军。西捻军连吃败仗，以走制敌的办法已经行不通。同治七年六月初七日，商河大战爆发。
这天早晨，驻商河城东北沙河镇的西捻军得到官军正在合围的消息，立即起队准备撤离险地，但已经来不及了。郭松林横截于前，潘鼎新袭击于后，王心安的东军也前来助战。时值大雨连连，道路泥泞，马蹄陷于泥水中，反而不如步兵迅速。张宗禹率部边打边撤，退到商河城下，得到城中捻军支援，士气大涨，于是在城下布防反击。郭松林率部首先赶到，刘铭传的铭军也前来支援。张宗禹亲率黑旗马队冲锋，郭松林骑兵迎上去，以骑兵对骑兵。而刘铭传的铭军，人手一条洋枪，组成枪阵，轮番射击。张宗禹中枪，子弹从后腰射入，从小腹贯出，伤势很重，被亲兵抢回。他忍着伤痛下令西捻军撤往东南方向，无奈官军咬住不放，被阵斩三千余人，被俘两千，骡马辎重损失无数。
张宗禹率军撤出商河，东走武定，准备把官军引诱到海滨，然后乘虚抢渡黄河。但当他率军折到黄河北岸，准备在龙王庙一带渡黄河时，数万清军包围过来，于是他再率军北撤到济阳玉林镇。
数路官军追随到济阳，对西捻军的位置也摸得十分清楚。六月十一日晚，淮军刘铭传、潘鼎新、郭松林再加东军王心安、豫军宋庆，在济阳城东北曲堤村商讨合围玉林镇的计划。五位统领，其实是以刘铭传为主。刘铭传虽然参战不过十来天，但潘鼎新、郭松林都买他的账，王心安和宋庆是跟着淮军在打仗，因此也就没什么好说的。整个合围计划，自然是刘铭传在策划。
张宗禹所率捻军不足两万人，而官军加起来近五万。刘铭传的计划，是五路同时合围。潘鼎新居东，郭松林从南，宋庆占北，西路一片开阔地，最容易被突破，因此刘铭传与东军王心安部两路并进。对此，王心安略有异议：“省帅有些太抬举小阎王了，他不足两万人，我们五万人来围他，有什么好怕的。西路只要我东军就够了，赫赫有名的铭军也上，真是杀鸡用牛刀了。”他想独得大功，自然瞒不过刘铭传。众位统领也心知肚明，所以他干脆挑明了，“省帅屡立奇功，消灭东捻更是名满天下，让我东军声名扫地。如今遇到了这么个容易见功的机会，省帅可否让给我东军？”
王心安这样说，反倒显得光明磊落。刘铭传心想你太小看小阎王了，以你东军的战斗力根本挡不住捻子。但他想到了李鸿章的叮嘱，咬了会儿嘴唇，一拍桌子道：“好，就让东军的兄弟去露一手。我撤往西边，就算预备队，你们谁需要我铭军支援，就派人来招呼一声。”
刘铭传自然不会老老实实在那里当预备队，他已经摸透了玉林镇一带的地形，把他的铭军埋伏在徒骇河边的大柳树村，只等万一王心安的东军被打散，就由他铭军来收拾残局。
西捻军自知优势尽失，被官军咬得太紧，因此始终保持了警惕，就是玉林镇也没打算久待，计划第二天半夜就走，让官军扑个空。然而，张宗禹因为枪伤太重，西捻军缺医少药，打发人到地方上去找医生，弄红伤药。
打发出去的人信誓旦旦说与这一带地方熟悉，定能找来医生，谁料他开了小差，溜掉了。等到半夜大家才知道不妙，重新打发人去找，这样一耽搁，医生处理完张宗禹的伤口已经天光大亮。夜里有雾，又加连日行军太过疲乏，等官军悄悄围上来了这才发现。西捻军匆忙迎战，张宗禹带伤督战道：“弟兄们，今天与清妖决一死战，是生是死，在此一举！击退了妖兵，我与弟兄们突过运河，重回安徽老家！”
西捻军人人都知道这是最后决战，因此都舍命相拼，无奈官军人多，自家后路被抄，火器几乎没有，因此伤亡惨重。张宗禹骑在马上观察形势，发现西路平坦，而且是战斗力一般的东军，于是他下令道：“西路是不经打的东军，弟兄们合力向西冲。”
王心安督军力战，但西捻军是鱼死网破的气势，所以防线终于被突破，他眼睁睁看着西捻军策马而去。
冲出重围的西捻军，南北两面都遇到了官军小队的骚扰，张宗禹判断南北两面都有官军，因此下令不与他们纠缠，只管向西奔，这恰恰奔到了刘铭传的伏击圈中。等西捻军闯进大柳树村，突然伏兵四起，而且全是洋枪洋炮，弹子如雨，西捻军根本无还手之力。张宗禹带人左冲右突，却无法冲出重围，那些久经沙场的战将一个个中枪而死。这一仗铭军沾了大光，虽然死伤一千余人，但五千捻军除一千余人被俘外，其余大都阵亡。
刘铭传让人清点人数，寻找张宗禹等头领，费了半个时辰，却是活不见人死不见尸。后来有个年老的捻军说他被几个亲兵保护着突出去了，刘铭传气得跺脚，亲自带上几百骑兵向徒骇河边追。一直追了十几里，捉到了一个叫王双孜的捻军，他自称是张宗禹的亲兵，是保护张宗禹突出重围的八个人之一。
“姓张的呢？说一句假话，立即砍下你的脑袋。”刘铭传不想耽误时间。
“梁王投水自杀了。”王双孜道。
“投水自杀了，你骗谁？是不是留下你故意给我摆迷魂阵？”刘铭传手持七响后膛枪，随时准备要这个亲兵的小命。
“小的不敢。我等劝梁王逃走，可是他说无颜见江东父老，要一死成全。我们还年轻，他让我们各自逃命。”王双孜老老实实回答。
“既然让你们逃命，你为什么不逃？”刘铭传还是不信。
“不是不想逃，我的马没了蹄铁，根本跑不动了。”王双孜抱起跑得稀烂的马蹄让刘铭传看。
刘铭传一看，立即下令：“立即沿河寻找。”
找了一下午也没有找到，于是刘铭传令人把王双孜押送到德州，交给李鸿章审讯。
同治七年七月十三日，申末——也就是下午快五点时，一骑快马直奔兵部街而来。马上人手执红旗，口中喊着捷报，路人纷纷躲闪。