王洛儿为拓跋嗣往来平城，通问大臣，夜，告诉安远将军安同等。众人听闻，翕然响应，争相出城奉迎。拓跋嗣到了城西，卫士将拓跋绍逮捕送来。拓跋嗣杀拓跋绍及其母贺氏，并诛杀拓跋绍帐下及宦官、宫人为内应者十余人。最先动手刺死拓跋珪的人，群臣将其尸体剁成肉酱，分而食之。
十月十七日，拓跋嗣即皇帝位，大赦，改年号为永兴。追尊刘贵人为宣穆皇后，公卿之前被罢官回家、没有参与朝政的，全部召回任用。下诏，命长孙嵩与北新侯安同、山阳侯奚斤、白马侯崔宏、元城侯拓跋屈等八人在止车门右设立座位，共听朝政，时人谓之八公。
拓跋屈，是拓跋磨浑的父亲。拓跋嗣因为尚书燕凤一直事奉自己的祖父拓跋什翼犍，命他与都坐大官封懿等入宫给皇帝讲论经书，出议政事。任命王洛儿、车路头为散骑常侍，叔孙俊为卫将军，拓跋磨浑为尚书，都赐爵为郡、县公。
拓跋嗣问旧臣，先帝最亲信的人是谁，王洛儿说是李先。拓跋嗣召问李先：“卿以何才何功为先帝所知？”李先回答说：“臣不才无功，只是因为忠直为先帝所知罢了。”拓跋嗣下诏，任命李先为安东将军，常常住宿在宫内，以备顾问。
朱提王拓跋悦，是拓跋虔之子，有罪，自己疑惧。闰十一月三日，拓跋悦身怀匕首入侍，准备作乱。叔孙俊觉得他举止有异，出手将他制服，搜索怀中，得匕首，于是杀了他。
23十二月二十二日，太白星侵犯虚星、危星。南燕灵台令张光劝南燕主慕容超出降，慕容超亲手杀了他。
24柔然部落入侵北魏。
义熙六年（公元410年）
1春，正月一日，南燕主慕容超登天门，在城上接受群臣新年朝贺。
二日，慕容超与宠姬魏夫人登城，见晋兵之盛，握手对泣。韩进谏说：“陛下遭堙厄之运，正当努力自强以壮士民之志，怎么像小儿女一样哭哭啼啼呢！”慕容超擦干眼泪，向他道歉。尚书令董铣劝慕容超投降，慕容超怒，囚禁他。
2北魏长孙嵩率军讨伐柔然。
3北魏主拓跋嗣认为郡县豪强多为百姓祸患，全部以优诏征召他们于京师居住。而被征召的豪强眷恋故土，不愿意迁徙，地方官员逼迫强迁，于是无赖少年逃亡相聚，所在之处，寇盗群起。拓跋嗣引“八公”商议说：“朕本意是为民除害，而郡守、县令们不能安抚，反而造成纷乱。如今犯法的人太多，不可能全部诛杀，我想发布大赦令安抚，如何？”元城侯拓跋屈说：“人民逃亡为盗，不治罪，反而赦免，这是在上位的人反过来去求下面的人了，不如诛其首恶，赦免其余党。”崔宏说：“圣王统御人民，目的在于让他们安定，不是与他们较量胜负。现在赦免，虽然不是正理，但也是可以权变的。拓跋屈要先诛后赦，那是本来可以赦免的，不赦免，要诛杀；诛杀又解决不了问题，再赦免；如此反复两次，何不一次赦免就解决呢！如果赦免了，他们还不听，再诛杀也不迟。”拓跋嗣听从。
二月一日，派将军于栗?率骑兵一万人讨伐不从命者，所向皆平。
刘裕灭南燕
4南燕广宁王慕容贺赖卢、公孙五楼挖掘地道，出城攻击晋兵，不能取胜。围城时间太长，城中男女患上脚病的超过三分之二，出城投降的人前后相继。慕容超坐着辇车登城，尚书悦寿对慕容超说：“如今上天助寇为虐，战士凋零憔悴，独守穷城，外援断绝，天时人事也都可知了。假如上天注定王朝的命运已到尽头，就是尧、舜也会避位，陛下岂能不考虑一下变通的办法呢？”慕容超叹息说：“王朝兴废，那都是命。我宁可奋剑而死，绝不衔璧（指口衔玉璧投降）而生！”
二月五日，刘裕发动总攻。有人说：“今他是‘往亡日’，不宜出师。”刘裕说：“我往，他亡，怎么说不利！”四面急攻。悦寿开城门接纳晋军，慕容超与左右数十骑逾城突围出走，被追获。刘裕数落他不降之罪，慕容超神色自若，一言不发，只是把母亲托付给刘敬宣而已。刘裕愤恨广固久不投降，想要将居民全部坑杀，把妇女奖赏给将士。韩范进谏说：“晋室南迁，中原鼎沸，士民孤苦无援，哪个统治者强，就依附哪个，既为君臣，必须为之尽力。他们都是衣冠旧族，先帝遗民；如今王师吊民伐罪，却将他们全部坑杀，他们将往哪里去呢？我担心在西北的人民，便没有来苏之望，永远不会盼着王师来伐了。”刘裕改容道歉，但是，仍然斩王公以下三千人，没收为奴的家属有一万余人，拆毁广固城墙，将慕容超送到建康，斩首（时年二十六岁，南燕亡）。
【司马光曰】
晋朝自渡江以来，国威不振，戎狄横行，虎噬中原。刘裕刚刚开始率王师剪平华夏，不在此时旌礼贤俊，慰抚疲民，宣扬和平乐易之风，**涤残暴污秽之政，使群士望风响应，百姓踮脚盼望，却反而恣行屠戮以泄私愤。看他的做派，连苻氏、姚氏都不如，他不能平定四海，成就美大之业，岂不是因为他虽有智勇，却无仁义吗！
【华杉讲透】
韩范劝谏刘裕，用了一句话：“窃恐西北之人无复来苏之望矣！”来苏之望是成语，指因其来而从困苦中获得更生恢复的希望。在此处用，联系着一个典故：
夏桀暴虐，在他的统治下，人民痛苦不堪。商汤起事，征伐诸侯，全天下百姓都盼着他的解救。他打东边的国家，西边国家的人民就埋怨；打南边的国家，北边国家的人民就埋怨说：“为什么先打他们啊？为什么不先打我们啊？”而正在被他攻打的国家的人民呢，就家家庆祝说：“傒我后，后来其苏！”待我君来吧！我君来之后，我们就获得重生了！
所以，刘裕此刻要释放的政治信号，是他的北伐大业，将使中原人民获得重生。而他只想到释放一个军事信号：拒不投降的，城破之后就屠城。那就不是王师北定中原日，而是成吉思汗杀过来了。
5当初，始兴相徐道覆听闻刘裕北伐，劝卢循乘虚袭击建康，卢循不听。徐道覆亲自到番禺，对卢循说：“我们住在岭南，难道是因为我们理当在此，还要传之子孙吗？是因为打不过刘裕而已。如今刘裕屯兵于坚城之下，根本不知道什么时候能回来，我们的手下都是盼望着能回到家乡的死士，用他们掩击何无忌、刘毅之徒，易如反掌。不乘此机，而苟求一日之安，朝廷常以君为心腹大患；如果刘裕平定齐地之后，休养士卒一年多，再以玺书征召你进京，刘裕自己将兵屯驻于豫章，派诸将率精锐部队越过南岭，那时候就算以将军您之神武，恐怕也不能抵挡了。今日之机，万不可失。如果先克建康，倾其根本。刘裕就算南还，也无能为力了。您如果不同意我的看法，我当率始兴部队直指寻阳。”（元兴三年，卢循派徐道覆攻下始兴，并留下镇守。）卢循非常不愿意起事，但是也无法反驳，于是听从。
当初，徐道覆派人在南康山砍伐造船用的木材，运到始兴，低价贱卖，居民争相抢购，所以积累了大量船材，而没有引起人的怀疑。这时候，将木材全部征收，用于制造船舰，十天之间就办完了。卢循从始兴入寇长沙，徐道覆入寇南康、庐陵、豫章，诸郡守、郡相都弃城逃走。徐道覆顺流而下，舟舰兵器，非常壮盛。
当时，消灭南燕的捷报还没到，朝廷急征刘裕。刘裕正在谋议留军队镇守下邳，经营司州、雍州，得到诏书，于是任命韩范为都督八郡军事、燕郡太守，封融为勃海太守，檀韶为琅邪太守。二月二十六日，刘裕回军。檀韶，是檀祗的哥哥。后来，刘穆之称韩范、封融谋反，诛杀。（二人是南燕旧臣，刘穆之担心他们变乱，所以诛杀。）
徐道覆攻破豫章，何无忌握节而死
6安成忠肃公何无忌自寻阳引兵拒战卢循。长史邓潜之进谏说：“国家安危，在此一举。听说卢循兵舰大盛，又居于赣江上游，顺势而下。我们应该掘开南塘堤坝（掘开南塘堤坝，则赣江水位下降，卢循的船舰就搁浅没用了），然后坚守豫章、寻阳二城，严阵以待，他必定不敢绕开我军，继续前进。我军蓄力养锐，等他疲惫，然后出击，这是万全之策也。如今决成败于一战，万一失利，后悔莫及！”
参军殷阐说：“卢循所将之众都是三吴旧贼（孙恩旧部），身经百战，徐道覆所领的始兴兵，也是拳捷善斗，不可轻视。将军应该留屯豫章，征调各地军队到豫章集中，兵到了之后再合战，为时未晚。如果以现在的部队轻进，必定后悔。”
何无忌不听，三月二十日，与徐道覆在豫章遭遇，贼军令强弩手数百人登西岸小山射击。当时西风暴急，何无忌所乘小舰被吹向东岸，贼军乘风以大舰进逼，何无忌部队崩溃奔逃。何无忌厉声说：“取我苏武节来！”符节到了，何无忌手执符节督战。贼众云集，何无忌辞色不屈，握节而死。于是中外震骇，朝议想要护着皇帝向北撤退，投奔刘裕；后来知道贼军离得还远，才停止。
【华杉讲透】
和结果相符的意见不一定都对
《孙子兵法》说：“知战之地，知战之日，则可千里而会战。”你要知道在什么地点，什么时间交战，给敌人摆好战场，安排好时间，等他来送死。何无忌则既不知战日，也不知战地，冲上去就打，那就是自己去送死了，难怪徐道覆那么看不起他。
敌军来袭，他是有备而来，看徐道覆准备造船用的木材，就花了多少心思！而我军一方，是没有准备，所以才有前面的郡守郡相弃城而逃。开始时的会战，总是被攻打的一方要吃亏。何无忌就尤其不该着急，而应该仔细考虑。
但是，如果何无忌守城不出，卢循、徐道覆会不会像邓潜之说的那样，不敢绕过豫章、寻阳前进呢？按《孙子兵法》所言，“途有所不由，军有所不击，城有所不攻，地有所不争”，卢循、徐道覆应该对豫章、寻阳弃而不顾，长驱直进，直扑建康。因为留下攻城，那不是给刘裕时间回来吗？所以，邓潜之说的情况也不会发生。何无忌承担不起放叛军过境的责任，他只能死战一搏。
写史、读史的人，都可从容展现自己的聪明才智，做“思想试验”，而当时的局中人，都是慌不择路。写史书的人，往往根据结果，往回找他听了谁的意见，没听谁的意见。但是，和结果相符，不一定那意见都对。君子多识前言往行以畜其德，也要自己多想想，寻找真因，不要因为写史的人怎么分析就盲目接受，包括我写的。
7西秦王乞伏乾归攻打后秦金城郡，攻拔。
8夏王刘勃勃派尚书胡金纂攻打平凉。后秦王姚兴救援平凉，攻击夏军，斩胡金纂。